После смерти патриарха Адриана в 1700 году царь подчиняет Церковь себе. Не сразу, постепенно, но настойчиво сжимая свободную по природе Церковь в государственных тисках, заставляя и ее быть «винтиком в государственной машине».
Сперва Петр назначает местоблюстителя патриаршего престола – выходца с Украины, одного из образованнейших людей своего времени – епископа Стефана Яворского. Незадолго до того, еще при жизни патриарха Адриана, он говорил в присутствии царя проповедь и очень его впечатлил.
Полагают, Петру нравилась и биография Стефана: он прожил много лет среди католиков, учился во Львове и Люблине, был униатом, потом принес покаяние. Правда, будущий епископ вынес из католических школ вместе с западным образованием и стойкую нелюбовь к протестантам, и аргументы полемики с ними. Петру это откроется не сразу – пока он считает Стефана человеком с симпатичного ему Запада, никак не связанным с «московской стариной», с которой Петр уже наметил рвать все взаимодействия.
Отношения Петра и Стефана – это зеркало той постепенной духовной метаморфозы, которая в течение 20 лет совершается в душе царя и (его руками) в стране.
Сперва Стефан вполне поддерживает Петра в его достижениях, походах, в его заботах о просвещении народа и развитии страны. Но к концу первого десятилетия XVIII века отношения между ними все натянутей. Да и не таким уж западником оказался Стефан, как от него, видимо, ожидал царь.
Находящийся во все более усиливающейся зависимости от Петра, епископ Стефан не может примириться с грубым вторжением царя в церковную жизнь. Мало того, что власть местоблюстителя в сравнении с патриаршей была сильно ограничена царем, так еще и взамен Патриаршего приказа (центр управления Церковью) был учрежден Монастырский приказ, который установил контроль государства за землями и доходами монастырей. Цель его была простая: силами светских чиновников забрать у монастырей их владения в пользу государственной казны.
В 1711 году в церковные суды были введены фискалы – это учрежденная Петром должность для тайного надсмотра над всеми делами. Фискалы заполнили все ведомства и коллегии, теперь они пришли и в Церковь.
К началу второго десятилетия века уже стало понятно, что Петр не думает назначать патриарха, что ему куда симпатичнее западный, протестантский тип управления Церковью.