В 11 веке на всем пространстве степи происходит стабилизация сфер влияния, но методы достижения этого – военные столкновения и дележ территорий. Благоприятный для спокойного хозяйствования климат устанавливается только в 13–14 веках.
Однако в это время начинается борьба Чингизхана за объединение монгольских племен. В урало-казахстанских степях нашли приют многие племена, разгромленные им (в т. ч. меркиты). Особенному истреблению подверглись кыпчаки. Ряду их представителей удалось добраться и найти приют на территории современной Башкирии. После захвата Средней Азии Чингисхан поручил своему старшему брату Джучи навести порядок в урало-казахстанских степях (именовавшихся у них Дашт-и Кыпчак). После его смерти кыпчаков истреблял его преемник Бату. Для дальнейшего расширения границ был затеян общеимперский поход. С 1242 г. Бату приступил к «наведению порядка» от Иртыша до Дуная. Эта часть Монгольской империи получила название Золотая Орда. Бату передал Урало-казахстанские степи своему брату – Шибану. До конца существования Золотой Орды степи юного Урала оставались под властью шибанидов. В 16 веке после междоусобных войн между ветвями клана, победившие преемники Шейбани ушли в Среднюю Азию. Зауралье и Южный Урал стали контролировать ногаи, подчинившие башкир.
Ногаи кочевали от Волги до реки Урал. Свое название этот народ вел от темника Золотой Орды Ногая – правнука хана Джучи. Ногай жил в 13 веке и контролировал огромную территорию от Дона до Дуная. Он женился на побочной дочери византийского имепратора Михаила Палеолога – Евросиньи. Союза с воинственными ногаями добивались в период феодальной раздробленности многие русские и европейские княжества. Ногай был убит в борьбе за власть ханом Тохта. Ногайская орда выделилась из Золотой Орды в 14 веке при хане Едигее. Центр Ногайской орды – город Сарайджук, или Сарайчик, находился в нижнем течении реки Яик. Ногаи жили набегами, кочевым скотоводством, у них было домашнее рабство. Улусы возглавлялись мурзами, а орда – князем. В 1554 году ногайский князь Исмаил принес присягу Ивану Грозному, признав его власть. Вместе стем ногайцы, частообъединяясь с крымскими татарами, совершали набеги на русские поселения. В 1600 году их подданство закрепил Борис Годунов, возведя мурзу Иштерека в сан князя. Часть ногаев до середины 18 века находилась в зависимости от Крыма и Турции. После распада Ногайской Орды казахи (потомки монгольских племен) владели территорией между Иртышом и Уралом.