Новое столкновение войск произошло на Пахре. И там, на берегах тихой глинистой речки, девятнадцатилетний Скопин-Шуйский состоялся как полководец: в открытом сражении Болотников был разбит, его войско бежало с поля боя и засело в лагере за телегами и рогатками. Из предосторожности князь Михайло не стал штурмовать его. К тому же разъезды донесли ему, что на Коломну прорывается другая группа восставших с Истомой Пашковым, а за ним шли взбунтовавшиеся рязанские и тульские полки Прокопия Ляпунова и Григория Сумбулова.
Потерпев поражение, Болотников понял, что имеет дело с опасным противником, и больше не стал искать судьбу в открытой схватке с юным полководцем. Оба войска простояли друг против друга на берегах Пахры два дня. Каждый из полководцев зорко следил за другим и не решался делать первым шаг. Затем Болотников отошёл назад на один дневной переход, а князь Михайло двинулся на соединение с Мстиславским, который выступил против Пашкова.
Болотников несколько дней стоял на месте, раздумывая, куда двигаться дальше. И вот в один из таких дней Заруцкий приехал к нему в стан и там у его шатра столкнулся с Ляпуновым.
– А-а, Заруда, и ты здесь! – узнал его Прокопий и быстро заговорил, глотая слова и пришёптывая ему на ухо, но так, чтобы слышали все окружающие: – Побили вас, побили! Ха-ха! Кто побил-то?! Мальчишка! Ха-ха! Эх вы – казачки!
Заруцкий вспыхнул от обиды за казаков. Но Прокопий по-свойски подхватил его под руку, растолкал у входа воевод и атаманов и протащил вперёд всех в шатёр к Болотникову. Он был, как всегда, деятелен, быстро решал всё на ходу и снова тут же всё менял: беспокойный, пылкий, суетливый… На совете он о чём-то пошептался с Пашковым и Сумбуловым, и те упёрлись, не согласились идти под начало Болотникова. После жестокой трёпки, устроенной Болотникову Скопиным, за того стояли только атаманы. Да и у тех пропал напор. И земцы взяли над ними верх. Объединённое войско, ещё не соединившись, распалось. И на Москву все двинулись врозь, каждый по себе.
24 сентября 1606 года, накануне дня Сергия Радонежского, Болотников подступил к Москве и расположился лагерем в Коломенском. Всё в том же Коломенском. Уж больно любили все, кто бы ни шёл на Москву, этот живописный расчудесный уголок. С высокими обрывистыми берегами и островками на Москве-реке, это место, окружённое с трёх сторон изгибом реки, представляло собой надёжное естественное укрепление… Подошли и путивльские сотни Пашкова и Григория Беззубцева. А там подтянулись рязанские и тульские полки.