Местные воинские подразделения состояли из 1160 человек на севере и 330 человек на юге. Разумеется, при такой численности и слабом вооружении они не смогли бы противостоять вторжению японских частей. Штаб Приамурского военного округа решил обеспечить оборону юга силами партизанских отрядов. План обороны Южного Сахалина разработал генерал-лейтенант Михаил Николаевич Ляпунов, военный губернатор острова. План состоял в том, чтобы, отступая с боями вглубь острова, совершать партизанские вылазки в тылу противника и продержаться таким образом до дня заключения мирного договора. Пока на острове имелось хоть одно русское подразделение, ведущее бой, японцы не могли претендовать на эту территорию.
Население острова составляло всего тридцать тысяч человек, в основном ссыльнопоселенцев. Удалось сформировать восемь дружин ополчения по двести человек в каждой. Люди записывались в добровольцы, потому что надеялись на сокращение сроков отбывания каторги. У большинства из них «проклятый остров» симпатий не вызывал, и никаких патриотических чувств к нему, как к части Отечества, они не испытывали. Военные учения не проводились. Возможно, потому, что руководство каторги опасалось доверять берданки своим подопечным раньше времени.
Для обороны южной части острова из Манчжурии весной 1905 года прибыла группа офицеров и сменила тюремных чиновников на командных должностях. Вероятно, эти люди смогли найти нужные слова для поселенцев, отбывших каторгу, потому что бывшие преступники-каторжане, воюя с захватчиками в тяжелейших условиях, зачастую стояли насмерть.
Для защиты южной половины острова офицеры создали пять партизанских отрядов, каждому из которых были назначены районы действий и выделены запасы продовольствия на два-три месяца:
Первый отряд полковника Иосифа Алоизовича Арцишевского: 415 человек, 8 орудий, 3 пулемёта (район действия – село Дальнее).
Второй отряд штабс-капитана Бронислава Владиславовича Гротто-Слепиковского: 178 человек, 1 пулемёт (село Чеписан* и озеро Тунайча).
Третий отряд капитана Полуботко: 157 человек (село Севастьяновка).
Четвёртый отряд штабс-капитана Ильяс-Девлета Даирского: 184 человека (долина реки Лютоги).
Пятый отряд капитана Василия Петровича Быкова: 226 человек (долина реки Найбы).
На вооружении дружинников стояли ружья-берданки, стрелявшие чёрным порохом. В тайге заранее заложили склады с продовольствием.