7 апреля 1946 г. Сталин санкционировал арест Шахурина, а 23 апреля – маршала авиации Новикова. Были арестованы и другие, названные в показаниях Худякова лица. По приговору Военной коллегии Верховного суда СССР Шахурин был осужден на 7 лет лишения свободы, Новиков – на 5 лет. Различные сроки заключения получили еще 5 видных руководителей.
Сразу после смерти Сталина все они были освобождены и реабилитированы (маршал авиации Худяков реабилитирован посмертно). "Дело авиаторов" (показания его фигурантов, прежде всего Новикова) было использовано против Маршала Советского Союза Г. К. Жукова, на которого, еще с конца войны собирался компромат.
В этом деле оказался скомпрометирован и Г. М. Маленков, один из ближайших соратников Сталина и одновременно соперник, и злейший враг А. А. Жданова.
На заседании Политбюро 4 мая 1946 г. по докладу Сталина, опиравшегося на материалы, представленные ему министром государственной безопасности В. С. Абакумовым, было принято решение, в котором говорилось, что "т. Маленков как шеф над авиационной промышленностью и по приемке самолетов – над военно-воздушными силами, морально отвечает за те безобразия, которые вскрыты в работе этих ведомств (выпуск и приемка недоброкачественных самолетов), что он, зная об этих безобразиях, не сигнализировал о них в ЦК ВКП(б)". Этим же решением Маленков был выведен из Политбюро, через два дня – и из Секретариата ЦК. К 1948 г. ему удалось полностью восстановить прежнее влияние и даже посчитаться с недругами-ждановцами.
Совет министров СССР утвердил предложение Высшего военного совета от 1 июня 1946 г. об освобождении Маршала Советского Союза Г. К. Жукова от должности Главнокомандующего сухопутными войсками, а также от должности заместителя министра Вооруженных сил и о назначении его командующим войсками Одесского военного округа. В ходе следствия по "делу авиаторов" от арестованных маршалов и генералов, в том числе окружения Жукова, были получены нужные показания, что легло в основу обвинения Жукову в "нескромности" и "непомерных амбициях": "Маршал Жуков, утеряв всякую скромность, и будучи увлечен чувством личной амбиции, считал, что его заслуги недостаточно оценены, приписывая себе при этом в разговорах с подчиненными разработку и проведение всех операций Великой Отечественной войны".