По характеру пылкая черкешенка оказалась прямой противоположностью скромной и застенчивой Анастасии. Мария с детства пристрастилась к охоте и пирам. Она не только не удерживала мужа от жестоких забав, но всячески потакала им, любила наблюдать за публичными казнями. Едва освоившись в русском языке, она без стеснений попыталась вмешиваться в политику. Любые попытки препятствовать Марии и ее брату Михаилу жестко пресекались царем. Воевода Алексей Адашев осмелился как-то сделать замечание царице, а на следующий же день отправился в ссылку. Он избежал более сурового наказания только благодаря старым заслугам, а вот его ближайшие родственники сложили головы на плахе. Все они были обвинены в "злом умысле" и попытке отравить царицу.
Боярская оппозиция опасалась возросшего влияния «злонравной» царицы. Она обвинила Марию в «порче нрава» и внушила Ивану мысль о ее неверности. Зимой 1564 царь решил испытать судьбу. Он объявил об отречении от престола, надеясь, что подданные сами бросятся ему в ноги со смирением и покаянием. Иван удалился в укрепленную Александровскую слободу* (*Ныне город Александров, районный центр Владимирской губернии.), где учредил нечто вроде монашеского братства. Он не взял с собой Марию Темрюковну, которая осталась в Москве на положении соломенной вдовицы. В отсутствии мужа царица окончательно распоясалась. Она щеголяла по городу в черкеске, появлялась прилюдно простоволосая. Народная молва приписывала ей множество похождений, но царь до поры, до времени не доверял слухам. Чашу терпения переполнило известие, будто царица задумала возвести на престол своего безродного любовника Андрея Федорова.
По приказанию Ивана Марию немедленно заключили под строгий надзор. Английский дипломат Д.Горсей сообщал: «тем временем он отдалил свою черкесскую жену, постриг ее в монахини и поместил в монастырь». Здесь она и скончалась в сентябре 1569, не выдержав жестокого содержания. Впрочем, многие современники были уверены, что ее отравили по приказу царя. Пискаревская летопись прямо указывает: «а тогда же опоил царицу Марью Черкаскову».
В окружении царя появились новые люди: Малюта Скуратов-Вольский, Федор Басманов, Богдан Вольский, Василий Грязной, князь Афанасий Вяземский и др. Они и составили основу особого царского приказа, известного под названием опричнина. Фактически опричники представляли собой личную гвардию царя, полностью ему преданную. Опричники крепили у седла особые отличительные знаки: собачью голову и метлу. Эти символы выражали готовность выгрызать и выметать крамолу с земли русской. Поиски крамолы нередко превращались в обыкновенный разбой. Государство погрузилось в пучину беззакония и массовых репрессий.