Джон, единственный ребенок капитана Джона Ньютона и Элизабет Ньютон, родился в 1725 году. Капитан Ньютон был моряком старой школы. Его уважали в своем кругу и боялись в кругу его подчиненных, к которому относились и его жена с сыном. Ему нравился стиль жизни морского волка, и он всецело отдавался этой роли. Временами его солидность переходила в напыщенность, поскольку ему казалось, что морской волк должен быть слегка чванлив и развязан. Он не проявлял и намека на эмоции – ни на борту судна, ни в семье. Безусловно, капитан Ньютон любил и жену, и сына, хотя совершенно явно не хотел, чтобы они знали об этом.
Он чувствовал себя несколько виноватым в связи со своими длительными поездками, в особенности из-за плохого здоровья жены. Из года в год капитан Джон Ньютон вместе с грузом специй и шелков привозил из путешествий также и безделушки для семьи. Хотя религиозные убеждения и не были ему свойственны, он все же был человеком, имевшим твердые принципы. Элизабет была набожной, ласковой и неглупой женщиной. Друзья отзывались о ней как о «благочестивой, сведущей христианке». Но она была больна туберкулезом и большую часть дня проводила на кушетке, кашляя в испанскую шаль – подарок мужа.
В эмоциональном же плане такой шалью был для нее сын. «Почти единственным ее занятием, – писал Джон позже, – была забота о моем воспитании». Джон вспоминал: «Когда мне было четыре года, я уже хорошо читал почти любую книгу. Она вложила в мою память… множество ценных пассажей, глав и отрывков из Писания и катехизиса, а также стихов и гимнов».
Когда Джону исполнилось шесть лет, мать решила, что пора ему браться за латинский язык. Она хотела, чтобы сын ее стал проповедником. Хотела этого так же горячо, как ее муж хотел, чтобы Джон стал моряком, капитаном – как он сам.
Весной 1732 года состояние здоровья Элизабет ухудшилось. Капитан Ньютон был в море, и не было никакой возможности отправить ему весточку. Поэтому соседи взяли на себя заботы о шестилетнем Джоне, а Элизабет, которой было тогда только тридцать, отправилась к супругам Кэтлетт, у которых был загородный дом.
Джон так больше и не увидел свою мать. Через несколько недель она умерла.
Капитан Ньютон вскоре снова женился, а сына отослал в частную школу, директор которой был «тираном трости и розги».