Формальное образование Джона длилось недолго. Едва ему исполнилось одиннадцать, отец забрал его на борт судна, чтобы преподать другое образование – научить жизни в море. За шесть последующих лет тот побывал с отцом в шести морских походах по Средиземному морю. Отец выковывал из него первоклассного моряка.
Несмотря на то что капитан Ньютон прилагал большие усилия к его воспитанию и ждал от него очень многого, Джон все же не был старательным учеником. Когда ему исполнилось шестнадцать, отец отправил его в море под командой другого капитана. И опасения капитана Ньютона подтвердились: для хорошего моряка, Джон был слишком мечтателен. Он очень любил читать, любил делиться с другими своими мыслями. Сам Джон писал: «Мне нравилась жизнь созерцательная, полная грез. Я питал отвращение к упорству и озабоченности делового мира». Отец полагал, что это либо рассеянность, либо лень, а может быть, и то, и другое вместе.
Тогда он решил, что лучшим путем для сына, раз уж он непригоден для моря, будет борьба за место в парламенте. Этот путь лежал через ямайские плантации.
И вот отцовские планы вновь расстроены. Джон, забыв о деле, пробыл в семье Кэтлетт три недели вместо предполагавшихся трех дней.
Отец наказал Джона тем, что отправил в рейс на Средиземное море простым матросом. На этот раз Джон взялся за дело всерьез. И когда они с отцом встретились вновь, тот наконец поверил, что сын его повзрослел. Капитан Ньютон добился для Джона офицерской должности на корабле, уходящем в дальнее плавание.
До отплытия оставалось достаточно времени для того, чтобы позволить себе повидаться с Полли. Но, как и в прошлый раз, Джон не нашел в себе сил расстаться с любимой. Полли была ему много милее офицерской фуражки.
Когда Джон вернулся, отец был близок к тому, чтобы отречься от него. Для него было очевидно, что сын решил растоптать свое будущее. Джону грозило нечто гораздо более серьезное, чем потеря офицерской должности на корабле. На сей раз он вынужден был отправиться не на Средиземноморье, а матросом в британский военно-морской флот. Англия была в состоянии войны с Францией, а морские сражения – вещь по-настоящему опасная.
Благодаря своему опыту через несколько месяцев Джон получил звание корабельного гардемарина. Но его душевное состояние было, видимо, очень тяжелым. Он как-то заметил: «Тогда единственным времяпрепровождением, в котором я находил удовольствие, были злые выходки». Постепенно он отошел от религиозных убеждений, воспринятых им в свое время от матери, и вскоре совершенно перестал скрывать, что он атеист, сознательно подталкивающий других к неверию.