Во время смуты, последовавшей за смертью Антиоха IV в 164 году, Иуда смог добиться уступок. В 163 году до н. э. полководец Лисий, один из претендентов на престол, предоставил иудеям полную религиозную свободу и казнил первосвященника-отступника Менелая. Но Иуда не был непобедим. Хасмонеи решили, что религиозной свободы недостаточно и нужно бороться и за свободу политическую. Хотя в начале 161 года Иуда одержал ошеломляющую победу и заключил договор с Римом, в конце того же года он погиб. Несмотря на то, что его армия сократилась всего до 800 человек, он предпринял самоубийственную попытку напасть на большое сирийское войско. Он был сражен, и его тело перевезли в Модиин, чтобы похоронить вместе с его отцом и братом Елеазаром, который погиб в бою немного раньше.
Теперь руководство перешло к Ионафану. Он не был отважным воином, каким был его брат, но знал, как уничтожить противников. Убивая по ночам всех эллинистов, которых он находил в сельской местности, а днем добиваясь расположения населения, он вскоре стал политической силой, с которой нужно было считаться.
И Деметрий (племянник Антиоха), и Александр Балас (претендовавший на роль незаконного сына Антиоха) нуждались в Иудее, чтобы укрепить свои притязания на престол. Поэтому Деметрий разрешил Ионафану беспрепятственно ввести армию в Иерусалим. Александр послал Ионафану письмо, в котором обещал ему первосвященство. Деметрий послал ему встречное предложение – освободить Иудею от налогов. Ионафан решил принять предложение Александра. Отныне первосвященником в Палестине будет правитель Хасмонеев. Этот шаг вызвал ярость и скандал среди ортодоксальных иудеев в Иерусалиме, поскольку Хасмонеи, хотя и были священниками, не принадлежали к роду первосвященников. Вероятно, именно в этот год в Израиле появилась секта ессеев.
Ионафан погиб в 142 году в результате предательства, будучи захвачен Трифоном, другим претендентом на престол. Его брат, Иоанн, также погиб в бою незадолго до этого. Таким образом, из пяти сыновей Маттафии остался только Симон.
Симон заключил договор с Деметрием II, соперником Трифона, чтобы отомстить за смерть брата. Взамен Деметрий предоставил Иудее полную политическую независимость. Со времен вавилонского нашествия (т. е. с 586 года до н. э.) Иудея не знала чувства свободы. Симон также был избран на должность первосвященника.