Но в 134 году Симон был убит своим честолюбивым зятем, и его преемником стал его сын, Иоанн Гиркан, который правил Иудеей в 134–104 годах до н. э. Среди наиболее примечательных дел его правления было покорение идумеев на юге и принуждение их к обрезанию, а также присоединение Самарии. Однако он порвал с сектой фарисеев, которые впервые упоминаются Иосифом Флавием в связи с этими событиями, и отдал предпочтение саддукеям[2].
Старший сын Гиркана, Аристовул, процарствовал всего год, после чего умер от тяжелой болезни. Его короткое правление отличается аннексией Галилеи и принудительным обрезанием ее жителей. Другим заметным событием царствования Аристовула стало его открытое принятие царского титула, первого иудейского царя со времен Седекии до плена (586 г. до н. э., см. 4 Цар. 24).
Александр Яннай (годы правления 103–77 гг. до н. э.), брат Аристовула, был сторонником войны и насилия. Его непопулярность в массах и враждебное отношение к фарисеям провоцировали конфликты, беспорядки и в итоге привели к гражданской войне. Однажды во время жертвоприношения на празднике Кущей – ведь он был не только царем, но и первосвященником – толпа начала забрасывать его цитронами – одним из обязательных предметов праздника. Охрана Александра отомстила за это унижение, зарубив многих выступавших. Позже, после неудачной попытки переворота, Александр отомстил его организаторам, многие из которых были фарисеями. Он казнил 800 человек вместе с их женами и детьми. В то время 8000 врагов Александра бежали из Иерусалима. Многие историки считают, что значительная часть этой группы отправилась в Кумран, чтобы присоединиться к общине ессеев.
После смерти Александра Янная трон перешел его жене Александре (77–68 гг. до н. э.). Поскольку она не могла быть первосвященником, на этот пост был назначен ее старший сын Гиркан II. Ее правление было отмечено миром и консолидацией. Сирия становилась все слабее, и поэтому не могла беспокоить Палестину. Александра примирилась с фарисеями и даже допустила их к руководству в своем правительстве.
Гиркан II был законным наследником Александры, но его младший брат, Аристовул II, быстро сверг его и оставался у власти около пяти лет (68–63 гг. до н. э.). Однако его правление было прервано приходом великого римского полководца Помпея.