Помимо Фернана, в семье было ещё четверо детей.
Когда будущему мореплавателю было 12 лет, он начал службу при дворе Леоноры Ависской, супруги португальского короля Жуана II Совершенного. Вместо придворных церемоний и фехтования необщительного юношу интересовали точные науки: паж часто уединялся в комнате и изучал астрономию, космографию и навигацию.
На службе придворным пажом будущий мореплаватель пробыл до 24-летнего возраста.
В 1498 году португальцы открыли морской путь в Индию, поэтому, когда Фернану Магеллану исполняется 25 лет, будущий путешественник покидает королевский двор и отправляется добровольцем на службу во флот, а затем на завоевание востока под руководством Франсишку ди Альмейды.
Отслужив в морском флоте пять лет, Магеллан предпринимает попытку вернуться в родную страну, однако в силу обстоятельств остаётся в Индии. За проявленные отвагу и мужество Фернан получает звание офицера и почёт среди военных.
В 1512 году Магеллан возвращается в Португалию, в город Лиссабон. Несмотря на храбрость, проявленную им в ходе завоеваний на востоке, на родине мореплавателя встречают без почестей.
Во время подавления восстания в Марокко Магеллан был ранен в ногу, что сделало португальского мореплавателя хромым на всю жизнь, поэтому морской офицер вынужден был уйти в отставку.
В появившееся у него свободное время путешественник изучает секретные архивы короля Португалии, где Фернан и находит старинную карту некоего Мартина Бейхема. Мореплаватель обнаруживает пролив, соединяющий Атлантический океан с неизученным Южным морем. Карта немецкого географа и вдохновила Фернана на морское путешествие.
Во время личного приёма у короля Магеллан просит разрешение на проведение мореплавательской экспедиции, однако получает отказ из-за того, что тот самовольно участвовал в подавлении марокканских волнений, чем и разгневал пятого короля Португалии Мануэла Первого. Причиной отказа было ещё и то, что король отправлял суда в Индию вокруг Африки, поэтому не увидел выгоды в предложении Магеллана.
Но Мануэл даёт понять Фернану, что не выскажет недовольства, если путешественник покинет португальскую службу. Оскорблённый резким отказом и гневом короля Португалии, Фернан отправляется в солнечную страну Испанию, где покупает дом и продолжает работать над идеей морского кругосветного путешествия.