Не имея налаженного административного механизма, правительство царя ищет опору в Земском соборе, ставшем совещательным и исполнительным органом власти. На соборах решались вопросы о сборе чрезвычайных налогов, об отправке войск против Заруцкого, вольных казаков, поляков и шведов, об условиях заключения мирных договоров с соседними державами, о реформах в стране и многое другое.
В полном составе Земский собор состоял их четырёх курий: Освящённого собора (высшего духовенства), Боярской думы, представителей московского дворянства и купечества, выборных от городов и уездов. Робота собора начиналась с общего заседания, на котором думный дьяк от имени царя (в экстренных случаях выступал сам царь) излагал вопросы, на которые следовало ответить собравшимся. Обсуждение проходило по куриям, и ответ подавался в письменном виде дьяку. Окончательным принятие решения было прерогативой царя, но он выносил его в зависимости от мнения членов собора.
Ещё одним совещательным органом была Боярская дума, в которую входило около 30—40 человек не только бояр, но и окольничих, думных дворян и дьяков, т.е. более видных и деятельных людей. Дума обладала и управленческими функциями через систему временных боярских комиссий. Они создавались для ведения посольских переговоров, решения местных споров, судных дел, руководства работой некоторых особо важных приказов, управления страной в отсутствии царя. Секретные дела решались Ближней или тайной думой, состоящей, как правило, из четырех бояр.
Во время Смуты некоторые приказы продолжали действовать. Так, даже в ополчениях были Посольский, Разрядный, Поместный и Земский приказы. Поэтому Михаилу предстояло только их расширить и наполнить новыми дьяками и подьячими. Вскоре общее число приказов достигло 40, но не все из них были постоянно действующими. Некоторые создавались только для решения конкретных задач, а потом упразднялись. Постоянными приказами, кроме перечисленных, были: Стрелецкий, Пушкарский, Казачий, позднее Иноземный и Рейтарский, которые занимались военными делами; Разбойный, ведавший борьбой с лихоимством; Челобитный, собирающий жалобы на чиновников и власти; Ямской занимался ямской гоньбой; Холопский – регистрировал кабальные записи; Московский и Владимирский судные приказы занимались судопроизводством, Аптекарский – ведал вопросами здоровья царской семьи, Большая казна – собирал доходы в царскую казну. Денежный двор занимался изготовлением монет, казанский и Сибирский приказы ведали соответствующими территориями.