Особого внимания требовали приграничные города, поскольку Россия была в состоянии войны с Речью Посполитой, Швецией и образовавшимся на юге Астраханским «государством» Марины Мнишек и И. Заруцкого. В 120 городах-крепостях были заменены воеводы и присланы осадные и стрелецкие головы. Им следовало отремонтировать укрепления, провести ревизию вооружения, переписать ратных людей, разделить на сотни и выбрать для каждой начальника – голову.
С другой стороны, давние и широкие связи боярского дома Романовых давали возможности ввести в администрацию на разных её ступенях, своих доверенных людей. Свойство родства и простая близость к царствующему дому становится источником придворной и служебной карьеры. Развеянное погромами Грозного и Смутой, старое боярство быстро заменилось новой знатью.
Тушинская распущенность сказалась в нравах деятелей, теперь поднявшихся к власти. Их вымогательства и хищения вызывали ропот; в приказах «дела мало вершились» а брали с ходатаев помногу, потворствуя тем, «за кого заступы великие». В народе осуждали бояр, которых древний враг-дьявол «возвысил на мздоимание», расхищение царских земель, утеснение народа; иноземцы полагали, что такое правление «если останется в теперешнем положении, долго продлиться не может»22 (Исаак Масса). Руководители приказного управления сеяли недовольство, назначая на воеводство и по приказам своих людей, шедших по их примеру.
По идее, воевода, ведая всеми делами своего уезда, должен был быть не самостоятельным наместником, а исполнителем подробных наказов и частных отдельных предписаний столичных приказов, носителем административной централизации. Но, в то же время, запутанность всего дела, неосведомлённость высшей власти и общее расстройство порядка, заставляли предоставлять воеводам полномочия столь же широкие, сколь и неопределённые, требуя от них инициативы и усмотрения, «смотря по тамошнему делу», как окажется «пригоже». Воевода не был «кормленщиком», казённые доходы отправлял в казну, не получал от населения уставных кормов, но и не получал жалования по должности, а «добровольные» дары в благодарность не осуждались ни правительством, ни нравами, и воевода кормился со всем своим приказным людом «от дел».
Такая постановка должности открывала широкий простор для лихоимства, вымогательства, произвола и казнокрадства. Нравственный уровень русской администрации всегда был невысок, а теперь же был ещё больше отравлен навыками «разрух», а общая её организация, при отсутствии контроля и ответственности, не оставила сколько-нибудь действенных сдержек. Население роптало на воеводскую власть, ненавидело приказных людей, а былые органы его самоуправления оказались подавленными этой новой силой и превратились в простых исполнителей её распоряжений, неся при них чёрную административную работу. Только тяжкая нужда и горькие воспоминания Смуты, сознание национальной опасности и влияние Земских соборов сдерживали, до поры до времени, раздражённое народное настроение, и правительственная машина, при всех своих коренных недостатках, заработала, устраняя, шаг за шагом, наиболее резкие последствия пережитой разрухи, но и не более того, укрепляя тем чиновничье-административную деспотию центральной власти.