В первый год царствования Михаила Фёдоровича особую тревогу правительства вызывал Астраханский «господарь» Заруцкий. Точнее, был опасен не сам Заруцкий, сколько его влияние на неустойчивую казацкую среду. Объединившись с ним, казаки могли вновь дестабилизировать ситуацию в стране. Поэтому, по инициативе царя по всем городам были разосланы грамоты, сообщавшие о новом законном правительстве, вернувшем людям прежний порядок и призывавший казаков и всех людей, ещё не оставившие злые дела, служить Земле и государю; всех, кто «придёт в чувство», ожидало полное прощение. Призывы эти имели своё определённое действие, разлагая силы врагов порядка. Где уговоры не помогали, применялся военный нажим. Вместе с тем, само население продолжало дело местной самообороны. Именно с помощью местных сил и был сломлен главный внутренний враг.
Прибыв в Астрахань, Заруцкий, казнив местного воеводу, князя И. Хворостинина, и некоторое число верных ему соратников, отправил в Персию послов, с просьбой к шаху Аббасу принять его в качестве вассала и оказать ему помощь в овладении Московским престолом. Одновременно с этим, он обратился к волжским и терским казакам с призывом идти вместе с ним в поход на Москву. Однако большинство казаков, уже уставших от войны, могло убедиться в законности избранной власти, и потому на призыв Заруцкого отозвалась только небольшая часть молодых казаков, жаждавших «чужого зипуна». В Астрахани Заруцкий, поддерживаемый прибывшими казаками, и временами именовавший себя царевичем Дмитрием, вёл себя, как главарь самой настоящей разбойничьей шайки. Видя нерасположение к себе местных жителей, он стал притеснять их, что, в конце концов, закончилось их восстанием. Заруцкий вынужден был спасаться за высокими стенами кремля, ощетинившись пушками. К этому времени дозрели и разногласия атамана с гарнизоном Терского городка. Какое-то время, сомневаясь в законности избрания Михаила Фёдоровича, гарнизон поддерживал союзнические отношения с новым астраханским диктатором, но разобравшись в ситуации, решили занять сторону центральной власти. Присягнув царю Михаилу, терские люди снарядили против Заруцкого стрелецкого голову Василия Хохлова с семьюстами ратниками. Когда Хохлов подошёл к Астрахани, жители города тут же примкнули к терским людям, и атаману ничего не оставалось делать, как бежать из города. 12 мая он, вместе с Мариной и «Ворёнком» бежал вверх по Волге. Хохлов нагнал их, побил сопровождавших их казаков и ногайцев, но «венценосной семье» удалось скрыться от преследователей. Они спустились вниз по Волге, вдоль берега моря прошли до устья реки Яик (Урал) и поднялись вверх по течению. В Яицком городке их принял атаман Ус. К этому времени к Астрахани подошло войско князя Одоевского. Узнав о местонахождении атамана, князь отрядил на его преследование две стрелецкие команды, которые, осадив Яицкий городок, в конце июня 1614 г. принудили казаков целовать крест государю Михаилу Фёдоровичу и выдать беглецов. Под сильным конвоем их отвезли в Москву, где состоялся боярский суд. Через два месяца атамана ожидало посажение на кол, несчастного «Ворёнка» – петля, Марину – скорый конец в башне коломенской темницы. Сторонники Заруцкого были прощены и взяты на царскую службу. Это подняло авторитет молодого царя в казачьей среде. Смерть астраханских властителей положила конец затянувшейся авантюре Лжедмитриев, 10 лет сотрясавших устои Русского государства. Но её последствия ощущались ещё несколько десятилетий.