В этой сложной систематической работе над расширением и обороной государственной территории руководящую роль играл Никита Романович Юрьев-Захарьин. Однако к внутренней политике Грозного, относящейся ко второй половине царствования, его отношение более сдержанно. В кровавые времена опричнины Никита не вошёл в состав опричного двора, остался боярином земским, не запятнал себя в разгуле преступной жестокости и безудержного произвола. Вместе с тем, он сохранил расположение Грозного и влияние на дела до конца его дней. И когда, по смерти царя Ивана, власть перешла к Фёдору, неспособному управлять государством, Никита Романович и по родству и по положению оказался главою фактического регентства. Но уже к осени того же 1584 г. болезнь его сломила, в апреле следующего – он умер.
После смерти Никиты Романовича правительственная среда, объединённая его бесспорным первенством, раскололась на враждебные группы. Шуйские, державшиеся при нём на втором плане, теперь потянулись к своей братье, княжатам, ища опоры против возвышения Годунова. А к Годунову, бывшему правой рукой Никиты Захарьина и царским шурином, перешло правительственное первенство.
С годами Никитичи (пятеро братьев) стали входить в силу. В 1587 г. Фёдор Никитич получил боярство. Родство с царским домом, богатство и широкие связи, семейная традиция влияния и власти – всё сулило ему быстрое возвышение. Немудрено, что по мере укрепления позиций правителя Годунова нарастало чувство недовольства и недоверия, колебавшее прежний «союз дружбы» и разразившееся по смерти царя Фёдора прямой борьбой за престол угасшей династии. По Москве ходили слухи, что царь Фёдор завещал престол своему двоюродному брату Фёдору Никитичу Романову, что Годунов связан клятвой, некогда данной отцу Никитичей, быть их «царствию помогателем». На избирательном соборе 1598 г. у Фёдора была своя партия, как и во дворце.
Романовы не сдерживались в приёмах агитации. Из их среды поднялись обвинения против Бориса – в убиении царевича Дмитрия и царевны Феодосии, в отравлении самого царя Фёдора. Возникла мысль противопоставить Годунову Симеона Бекбулатовича, будто имевшего право на престол по своей роли «государя московского». Но соперник стал царём по «единодушному избранию собора». Фёдор Никитич не смирился. Разрыв с Годуновым был полный. Ходили слухи о резких сценах между ними, причём Фёдор, как будто, на Бориса даже с ножом кидался.