При дворе царя «Дмитрия» влияние досталось новым людям и это сблизило против него прежних недругов. Родовитое боярство поспешило свергнуть самозванца; Романовы и их друзья поддержали заговор, но не руководили им. Однако союз двух кругов московского боярства не мог быть прочным: когда инициаторы заговора прочили на престол одного из своих, в то же самое время по Москве пошли слухи, записанные иноземцами, что власть перейдёт к одному из Романовых.
Царем стал Василий Шуйский. И он пытался примирить партию Романовых со своим воцарением, наметив Филарета на патриарший престол. Наречённый, но ещё не поставленный Филарет тотчас по воцарению Шуйского был послан в Углич для перенесения в Москву мощей царевича Дмитрия. В его отсутствие в столице разыгрались какие-то уличные беспорядки, направленные против нового царя, и спровоцированные «подмётными листами», в которых говорилось о спасении Дмитрия. Польские послы запивали слух, что эти листы приписывали Филарету. Так или иначе, но в конце мая 1606 г. лиц Романовского круга постигла опала, а Филарет вернулся из Углича, не выполнив поручения, на свою Ростовскую митрополию. Тут он живёт до октября 1608 г., как «верный богомолец» царя Василия. В октябре 1608 г. отряды Тушинского вора взяли Ростов и увезли Филарета в Тушино. Здесь пленника встретили с почётом, дорожа им для роли «наречённого патриарха Московского» при тушинском царьке. Известия о положении Филарета в Тушине противоречивы. По одним он жил «не своею волею» и его «блюли всегда крепкими сторонами», по другим – он добровольно играл роль главы того духовенства, которое «вора» признало царём Дмитрием. И последнее лучше согласуется с последующими событиями. Все, кто был враждебен Шуйскому, видели во втором самозванце орудие против него. И. Н. Романов, князья Катырев и Троекуров, женатые на Романовых, кн. Трубецкой – подвергались опале за то, что чуть было не увлекли войско на его сторону. А потом Троекуровы, Трубецкой, Черкасский и др. лица романовского круга собрались в Тушине вокруг Филарета. Когда же Тушино распалось, то в его станах осталась группа русских людей с Филаретом во главе, которая порешила к царю Василию не ехать и завели переговоры с королём Сигизмундом III об избрании на Московский престол королевича Владислава. Причём, в посланиях к королю Филарет продолжает титуловать себя патриархом. На попытку Сигизмунда склонить их под свою власть, тушинские политики ответили, что всё дело не может быть решено без «совета всей земли», а Филарет, поехавший было к королю, был «отполонен» у поляков и вернулся с Москву. Здесь его приняли с честью, и он, сохраняя Романовскую митрополию, остался жить в столице.