Период с 1619 по 1633 гг. фактически для России стал эпохой правления Филарета. «Инокиня-царица» в этот период окончательно отошла от придворной жизни. Она стала игуменьей Вознесенского монастыря, также руководила работой золотошвейной мастерской, шившей одежду для царя, патриарха, покровы для гробницы в Архангельском соборе и для подарков монастырям. Своей важной обязанностью Марфа считала помощь одной из жён И. Грозного – Анне Колтовской, вдовам царевича Ивана и Василия Шуйского. Всем оказывала денежную помощь и посылала к праздникам подарки (умерла в 1631 г.)
В хронографе митрополита Пахомия 1639 г. современник так охарактеризовал патриарха Филарета: «Божественное писание отчасти разумел, нравом опальчив и мнителен, а владителен таков был (т.е. взял такую власть), яко и самому царю бояться его; бояр же и всякого чина людей царского синклита зело томляше заключениями… и иными наказаниями»28.
Как правитель русской церкви, «мирской» патриарх, чуждый церковно-богословской книжности, являлся, прежде всего, властным и искусным администратором. Церковь была для него учреждением, требующим устройства на началах строгой дисциплины и иерархического господства, и он целиком перенёс в своё патриаршее управление формы приказного заведования делами. Суд в патриаршем судном приказе был «в духовных делах и в смертях и в иных во всяких делах против того же, что и в царском суде». Казённый приказ ведал доходами патриаршей области; дань с дворов духовенства и сборы с церковных доходов за требы, за пользование пахотой и угодьями и др. Для этого производились тщательные переписи церквей и приходов, всего тяглового духовенства.
Получив патриаршество не по каноническому избранию, а по естественному праву, какое признали за государевым отцом, Филарет и для духовенства был, прежде всего, «великим государем». Но таким же «великим государем» выступал он и в делах управления государственного. Человек властный и крутой воли, он «всякими же царскими делами и ратными владел»29 не только путём личного влияния на сына-царя. Его участие в государственной власти было установлено формально, как титулом «великого государя», так и порядком делопроизводства: дела докладывались обоим государям и грамоты писались от имени их обоих. Царь Михаил пояснял, что «каков он государь, таков и отец его государев великий государь, святейший патриарх, и их государское величество нераздельно», а современники не колебались, кого признать действительным правителем государства, наблюдая, как почтительный и скромный сын только одобрял решения своего отца.