О личном участии Филарета в низложении царя Василия известий нет, но там действовали близкие ему люди. После падения Шуйского выдвинулись два кандидата на престол: Князь Голицын и М. Ф. Романов, за которого стояло большинство горожан и сам патриарх Гермоген. Но опасное положение Москвы, теснимой с одной стороны шайками самозванца, с другой – польскими войсками гетмана Жолкевского, заставило бояр впустить в Москву польские войска и присягнуть Владиславу. Жолкевский, понимая, что русские претенденты на престол опасны для польской политики, отправил В. В. Голицына, и, за молодостью Михаила, его отца, Филарета, во главе посольства к королю под Смоленск. Через некоторое время это посольство распалось в связи с изменой многих его членов. Но митрополит Филарет и князь В. В. Голицын твёрдо стоят на ранее принятых условиях. После бурных перипетий прежних годов, когда Филарет вёл честолюбивую борьбу за власть, он теперь выступил непреклонным защитником независимости и неприкосновенности русской земли. Его имя в московском общественном мнении стало рядом с именем Гермогена, как последних борцов против политики национального и религиозного порабощения родины. А ссылка за «твёрдое стояние» и долгий плен в Мальборгском замке окружили это имя ещё большей популярностью.
Отец Филарета почти полстолетия стоял близко к центру всей государственной работы и занял в нём руководящее положение. Всю жизнь боролся его сын за сохранение этого значения себе, объединяя вокруг себя разбитые налетевшими бурями элементы московской правительственной среды. Злая судьба подвела его под монашеский клобук, по православной традиции являющейся уходом от мирской жизни. Путь к престолу, который при новых условиях не миновал бы Фёдора Никитича, был закрыт пострижением. Но это не лишило его большой политической роли: выдвинулась кандидатура его сына, окрепла и осуществилась. А сам Филарет, давно наречённый в патриарха, занял святительский престол при исключительных условиях.
После смерти Гермогена в Москве не было патриарха, поскольку Михаил Фёдорович желал видеть на этом посту только своего отца. Для его рукоположения был специально приглашён Иерусалимский патриарх Феофан, который 24 июня 1619 г. в Успенском соборе совершил обряд постановления нового патриарха. В мае 1625 г. Филарет получил грамоту, по которой мог вершить суд над всем духовенством и собирать доходы с церквей и монастырских земель.