Для объединения действий войск 51-й и Приморской Отдельных армий и Черноморского флота по обороне Крыма по указанию Ставки Верховного Главнокомандования было создано командование войсками Крыма. Командующим был назначен вице-адмирал Г.И. Левченко, заместителем по сухопутным войскам генерал-лейтенант П.И. Батов.
После поражения на ишуньских позициях дивизии Приморской армии начали отходить на юг, а четыре стрелковые дивизии 51-й армии, против которых наступали пять немецких дивизий, медленно отходили в направлении на Джанкой.
Манштейн приказал войскам 30-го армейского корпуса в составе 72-й и 22-й пехотных дивизий продвигаться на Симферополь. 54-й армейский корпус в составе 50-й, вновь прибывшей 132-й пехотных дивизий и наскоро сформированная моторизованная бригада получили задачу преследовать противника в направлении Бахчисарай – Севастополь.
Командующий войсками Крыма 29 октября решил отвести войска Приморской и 51-й армий на слабо подготовленный тыловой оборонительный рубеж, проходивший по линии Советский, Ново-Царицыно, Саки, и закрепиться на нем. Но на практике это решение осуществить не удалось, так как 31 октября подвижный отряд противника вышел к станции Альма, а вслед за ним выдвинулись и дивизии 54-го армейского корпуса.
Чтобы не допустить прорыва вражеских войск к Севастополю, гарнизон которого в это время был очень слаб, было решено войска Приморской армии отвести к Севастополю и организовать там ими оборону этого города-порта, а 51-й армией прикрыть керченское направление. В результате такого решения силы советских войск в Крыму делились на две части, и противник получал возможность громить их по частям.
Отход на Севастополь проходил в трудных условиях. Советские войска вели непрерывные бои с наседавшим на них 30-м армейским корпусом противника, который от Джанкоя был повернут на юг. 6 ноября передовые части Приморской армии вышли к Севастополю как раз в тот момент, когда гарнизон города, состоявший главным образом из морской пехоты, отражал на передовом рубеже атаки 54-го армейского корпуса, стремившегося прорваться к городу с востока по кратчайшему направлению. С подходом войск Приморской армии силы защитников Севастополя увеличились, что дало им возможность отразить наступление врага.
В то время, когда войска Приморской армии отходили к Севастополю, 51-я армия, в командование войсками которой с 30 октября вступил генерал-лейтенант П.И. Батов, отводилась для обороны Керченского полуострова. 4 ноября приказом командующего войсками Крыма на базе 51-й армии был создан Керченский оборонительный район, в состав которого вошли все соединения и части 51-й армии и Керченская военно-морская база.