Начало Великой Отечественной войны встретил в занимаемой должности.
С августа 1941 года- начальник 1-го отдела штаба Сталинградского военного округа.
С января 1942 года- и.д. начальника штаба 47-й танковой бригады формировавшейся в округе.
В первых же боях подполковник И.И. Айзенберг покинул поле боя, за что был отстранён от должности.
С 26 июля 1942 года- врид командира 110-й танковой бригады.
С сентября 1942 года- заместитель командира 162-й танковой бригады.
С ноября 1942 года- командир 14-го отдельного учебного танкового полка, Воронежского фронта.
С 9 апреля 1943 года- командир 262-го танкового полка прорыва[9].
29 ноября 1943 года, приказом войскам 2-го Украинского фронта № 13/н, командир 262-го танкового полка прорыва, полковник И.И. Айзенберг за умелое руководство в управлении боем полка был награжден орденом «Красной Звезды».
Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:
«Товарищ Айзенберг, командуя 262-м танковым полком прорыва, показал себя подготовленным командиром. Обеспечивающим выполнение боевых приказов командования. В период подготовки к боевым действиям уделяет много внимания подготовке к предстоящим боям личного состава и материальной части. В бою, своим личным боевым опытом увлекал танкистов на успешное выполнение боевой задачи. С 5 июля по 30 августа 1943 года, полк, беспрерывно участвовал в боях и за этот период нанес большие потери противнику» [10].
С декабря 1943 года по август 1944 года- слушатель Академических курсов усовершенствования офицерского состава при Военной академии БТ и МВ им. И. В. Сталина.
С августа 1944 года- командир 40-го инженерного танкового полка 1-й инженерно- сапёрной штурмовой бригады.
7 февраля 1945 года, приказом войскам 65-й армии № 513/н, командир 40-го отдельного инжерено- танкового Белостокского полка, полковник И.И. Айзенберг за мужество и отвагу проявленные в бою, был награжден орденом «Красного Знамени».
Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:
«Полковник Айзенберг, в подготовительный период к бою проделал большую работу по увязке вопросов взаимодействия с другими родами войск. Заранее наметил исходные позиции, проходы через наши траншеи и минные поля противника. Полку была поставлена задача: проделать 6 проходов для 80-го гвардейского танкового полка, 999-го самоходного артиллерийского полка, 251-го танкового полка, 922-го самоходного артиллерийского полка и частей 354-й и 108-й стрелковых дивизий, с этой задачей справился. Было проделано 6 проходов и проведены линейные танки до деревень Машки и Бурсы. Всеми действиями частей руководил лично сам. После выполнения поставленной задачи, вся материальная часть сохранена» [11].