Преподаватели стремились выполнить свою работу как можно лучше, сделать занятия глубокими по содержанию и доходчивыми по форме изложения. Слушателей старших курсов привлекали к научным исследованиям, конкурсам. Первая конкурсная работа касалась физиологии растений. Перед слушателями была поставлена задача изучения анатомических и физиологических особенностей хвойных и лиственных деревьев, растущих в парке академии.
Вскоре проявились недостатки первого устава академии. Подверглась сомнению целесообразность трехлетней продолжительности курсов, значительное число слушателей не проходило полного академического курса. Складывалось мнение, что Петровская академия была не высшим учебным заведением, а сельскохозяйственным лекторием. Отсутствовали учебные планы по годам и полугодиям, не было переводных экзаменов с курса на курс, были слушатели, а не студенты. За период с 1865 по 1872 год в Петровской академии обучалось 1034 слушателя, однако полный курс завершили лишь 36 человек, из них 12 – сельскохозяйственное и 24 – лесное отделение. 998 человек не окончили полного курса. Один дипломированный выпускник служил лесничим, а остальные девять человек работали в сельскохозяйственной сфере (пятеро преподавали в профильных учебных заведениях, а четверо управляли имениями). 184 студента изучили только интересовавшие их предметы и стали работать в сельскохозяйственном секторе экономики без диплома. Важно отметить, что из числа бывших студентов периода 1865—1872 годов. 58 человек стали управляющими имениями, 45 вели собственное хозяйство, а 43 состояли на государственной службе, связанной с сельским хозяйством.
Министерство государственных имуществ сочло такие результаты деятельности академии недостаточными, что привело к ее реорганизации в 1872 году. Несколько месяцев действовали Временные правила, а 16 июня 1873 года император Александр II утвердил новый устав Петровской земледельческой и лесной академии. В новом уставе говорилось: «Петровская земледельческая и лесная академия есть высшее учебное заведение, имеющее целью дать молодым людям научное образование по сельскому хозяйству и лесоводству». В учебный процесс вводились сдача переводных и выпускных экзаменов, требовалось обязательное посещение занятий. Учащихся стали именовать не слушателями, как ранее, а студентами. Срок обучения увеличивался с трех до четырех лет. В академии вводилась должность декана. Первым деканом стал Василий Тарасович Собичевский, прослуживший в академии 16 лет.