Всемирно известные ниндзя, впервые появившиеся в XV веке, были японскими шпионами и наемниками. Они были разделены на кланы (семьи) и в основном работали на лордов и дворян. Их основные задачи состояли в убийствах и шпионаже. Ниндзя обладали особыми навыками и были мастерами в боях, которые сами считали искусством. Впрочем, работы Масаси Кисимото далеки от черных костюмов и лиц, скрытых темными тканями, – образов, знакомых нам по массовой культуре: его герои одеты в довольно эксцентричные цвета и наряды и не пытаются слиться с тенями. В «Наруто», как и в эпоху Эдо (1600–1868), ниндзюцу* играет очень важную роль.
Ниндзюцу относится ко всем техникам, используемым ниндзя. Оно включает в себя использование оружия (например, меча, сюрикена* или куная*), безоружный бой, известный как тайдзюцу*, а также техники маскировки, взрывчатых веществ, ядов и жонглирования, известные как гендзюцу*, то есть искусство иллюзии. Ниндзюцу также включает в себя знания в области медицины, химии, психологии, метеорологии и астрономии.
В феодальной Японии ниндзя делились на две категории: наемников, которые предлагали свои услуги в обмен на деньги, и тех, кто служил одному клану или семье. Исторически сложилось так, что самые большие и старые семьи ниндзя объединялись в кланы. Каждая из этих семей имела свое происхождение, обычаи, особенности и техники. Члены этих кланов необязательно принадлежали к одному семейному древу и поэтому не имели права голоса при принятии решений. Высшее руководство отвечало за философские ценности клана и стратегические решения. Оно также заботилось о жизни клана. Очень важная для структуры клана иерархия была довольно простой: джонин* – ниндзя высшего класса (лишь немногие другие ниндзя знали его личность), чунин* – ниндзя среднего класса, гении* – начинающий ниндзя.