Следующее упоминание о Москве относится к 1237 г. при описании монгольского нашествия – похода хана Батыя. Москва была захвачена, московский воевода Филипп Нянко убит, а князь Владимир, сын великого князя Юрия Всеволодовича взят в плен: «А татарове же поидоша к Москве, и взяша Москву, и воеводу убиша Филипа Нянька за православную веру крестияньскую, а князя Володимера руками яша, сына Юрьева».[7] Упоминание в Троицкой летописи о пленении князя Владимира Юрьевича в Москве говорит о существовании уже в то время самостоятельного Московского удела.
Удар, нанесенный по землям Руси монгольскими завоевателями серьезно изменил имевшуюся политическую систему. Государство Русь с главным городом Киевом просуществовало до начала монгольского нашествия 1237–1241 гг. В последующем формальное единство русских земель с Киевом во главе распалось. Южные и западные русские земли с середины XIII до начала XV вв. вошли состав Польского королевства и Великого княжества Литовского. Произошло обособление Северо-Восточной Руси, в которую еще входили Рязанские земли и Новгород Великий. Столица окончательно была перенесена во Владимир.
После гибели Юрия Всеволодовича в 1238 г. в бою с захватчиками на реке Сить, Владимирским великим князем становится его брат Ярослав Всеволодович, который понимая бессмысленность конфронтации с Золотой Ордой, вынужден был внешне подчиниться Батыю. Хотя на деле осуществлял попытки восстановить былое могущество княжества. Эту политику по укреплению русских земель продолжали и его сыновья.
Монгольское нашествие привело к политическому и экономическому ослаблению Руси, она попала в зависимость от иноземной власти. Многие старые русские города Северо-Восточной Руси, такие как Суздаль, Ростов, Владимир постепенно приходят в упадок, уступая при этом место экономического и политического верховенства новым – Нижнему Новгороду, Твери, Москве. В середине XIII в. Москва окончательно становится центром отдельного княжества. К концу XIII в. из Владимирского великого княжества выделились 14 княжеств, наиболее важными из которых были Суздальское, Ростовское, Городецкое, Переяславское, Тверское, Ярославское и Московское.
В 1247 г., ровно через 10 лет после Батыева разгрома, в Москве появляется первый Московский самостоятельный князь Михаил Ярославович Хоробрит, четвертый из восьми сыновей Ярослава Всеволодовича, и брат Александра Невского. Как называет его летописец в четвертой Новгородской летописи: «Михайло Ярославич Московский».