Секуляризация церковных доходов постоянно переходила в тенденцию секуляризации церковного имущества. По именным указам царя и по собственным распоряжениям Монастырский Приказ продавал церковные вотчины и раздавал их новым владельцам. Всего за первые 10 лет деятельности Монастырского приказа было отчислено к другим ведомствам и владельцам около 10.000 дворов. Это была уже настоящая секуляризация, хотя и частичная. Она не превратилась в общую, потому что Пётр, прежде всего, исходил из своих практических соображений. С экономической же независимостью церкви, ее системой кормления было покончено. Последующее существование приходского духовенства и отчасти монастырей от доброхотных даяний уже имеет совершенно иной характер добровольной платы, но не экономической эксплуатации церковной должности, как лена, или вотчины.
Проводя церковную реформу, у Петра наблюдалось еще одна особенность церковной политики. Она состояла в провозглашении манифестом 1702 г. веротерпимости, представлением иностранцам права беспрепятственно исповедовать свою религию и сооружать для этого храмы. Эта мера была обусловлена привлечением иностранных специалистов на русскую службу. Вместе с этим происходит некоторое смягчение по отношению к собственным раскольникам, отказ от средневековых методов преследования. Костер и ссылка, тюремное заключение и содержание в яме перестали быть единственными средствами защиты православия. Руководствуясь практическими интересами, правительство отказалось от жесткого преследования старообрядцев. Указ 1716 г. разрешал записываться в раскол «без всякого сомнения», но за эту милость с лиц, придерживающихся старых обрядов, налоги взимались в двойном размере. Кроме того, старообрядцев принуждали носить иной, чем у остального населения, головной убор – его украшали рога. Сторонников старой веры лишали также некоторых гражданских прав, представляемых посадскому населению: участия в выборах и право занимать выборные должности.
Деятельность Монастырского приказа была направлена не только на пополнение казны, но и на упорядочение церковной жизни; поддержание определенного штата военнослужащих в армии. В 1718 г., ввиду рекрутского набор, Приказ временно приостанавливает по всей России посвящение в священники. В 1715 г., издается закон, возлагающий на монастыри обязанность содержать аттестованных солдат; раньше это было делом добровольного благотворения. Еще раньше, в 1718 году, по приказу царя произошло заключение церкви в определенные штаты: в монастырской сфере одни монастыри были закрыты, другие превратились в приходские церкви, в третьих сокращено число монахов; в приходских церквях на 100—150 дворов полагался один священник, на 200—250 дворов – два, на 300 – и то в исключительных случаях – три. На каждого священника было положено по два причетника. Введение штатов предполагалось осуществить постепенно, пока лишние клирики не переведутся сами собой за смертью или сложением сана, и в этот промежуток было постановлено не посвящать новых лиц на открывающиеся вакансия, а замещать их лишними клириками из других приходов. В 1721 г. последовал уже более решительный указ, запрещавший совсем постригать в монахи, чтобы освободить места для отставных солдат. Все эти меры мотивировались наличием Северной Войны. Но приказ провел также некоторые изменения в церковных делах вне всякой связи с войной или другими практическими мероприятиями Петра. Например, устанавливается новый порядок выборов священников, а протоиереям предписывается заводить школы и следить за тем, чтобы посвященные в священники непременно были из воспитанников школы. В 1718 г. Монастырский приказ закрыл все домовые церкви, за исключением церквей, принадлежавших особам царской фамилии. Их утварь и антиминсы передавались в распоряжение бедных приходских и монастырских церквей. Таким образом, упразднялся домашний культ, прежние домашние духовники, холопы своих господ, заменялись приходскими, общественными духовниками, на которых была возложена обязанность доносить о всяких крамолах, открытых на исповеди, а обыватели обязывались непременно «говеть» Великим постом.