Разрозненные распоряжения Монастырского приказа были объединены в систему и развиты в Духовном Регламенте. Ко времени составления Духовного Регламента (1721 г.) Пётр разошелся со Стефаном, хотя тот все еще оставался местоблюстителем патриаршего престола. Пётр более всего симпатизировал немецкому протестантизму, привлекавшего его не только рационализмом, но и организационными принципами. Лютеранская реформация, с точки зрения Петра, именно и свелась к тому, что в бесчисленных немецких княжествах церковь стала отраслью княжеского управления. Князь назначал пасторов, которые, таким образом, были попросту его чиновниками, проводившими при помощи религии его политику. Стефан Яворский иначе ко всему относился, и на почве, насаждения хотя бы внешнего протестантизма, имел несколько крупных столкновений с царем, что и стало основной причиной их взаимного охлаждения.
Стефан сначала сочувствовал преобразовательной деятельности Петра, восхваляя его в проповедях. Но постоянно он начал осуждать его распоряжения, которые считал посягательством на свободу церкви. Будучи воспитанным на католических системах богословия, отстаивавших церковный авторитет, церковное предание, он считал патриаршество необходимым для управления Церковью. Возможно, он видел себя будущим патриархом. Постепенно он идейно сблизился с противниками деятельности Петра, касавшихся духовенства. В проповедях местоблюстителя говорилось то, что воспринималось как порицание царю. Взыскивал он осуждение не хранящим постов, оставляющим жен своих. Во время войны с турками царь, минуя Стефана, получил от Константинопольского патриарха разрешение не соблюдать посты для войска, двинувшихся в Прутский поход. Не одобрил Стефан насильственное пострижение первой супруги Петра, царицы Евдокии, его женитьбы на безродной Екатерине. В 1712 г. в единомыслии с недовольными мероприятиями царя, он, в день ангела царевича Алексея назвал его «единой надеждой России» и обрушился на введенный Петром институт фискалов, на то, что царь даже потребовал от него письменного объяснения, а в 1718 г. Стефан попал в подозрение и был запутан в деле бегства Алексея, но сумел оправдаться.
Проводя церковную реформу с ориентировкой на Запад, внутренне Пётр I оставался православным по содержанию. Он любил петь на клиросе и читать Апостол, его духовником некоторое время был подвижник, прозорливец иеромонах Иов. В 1694 г. царь был застигнут сильной бурей в Белом море и молился о спасении. Судно его добралось до Унской губы. Там находился Пертоминский монастырь, возникший на месте погребения иноков соловецких, Васссиана и Ионы, утонувших вблизи. По поверьям они помогали обращавшимся к их представительству. Пётр и свое спасение объяснил также. Он просил архиепископа Холмогорского Афанасия об обретении их мощей, что и было исполнено, а после и установлено местное празднование. Петром был восстановлен новгородский Перекомский монастырь. Церковь в Вознесенском монастыре в Смоленске построена царем, прибывших карать стрельцов и помиловавших их по просьбе игуменьи Марфы. Восстановлена им и Валаамская обитель, после разорения ее шведами, 100 лет пребывавшая в запустении. Новую столицу свою он отдал под небесное покровительство Исаака Далматского, в день памяти которого родился. Им перенесены были в Санкт-Петербург из Владимира мощи великого князя Александра Невского. «„А икона Успения?“ с волнением спросил он, получив известие о сильном пожаре в Киево-Печерской лавре. „Ну, так Лавра цела“, с радостью воскликнул царь, узнав, что православная святыня цела»