Наркомам внутренних дел, начальникам УНКВД республик, краев и областей совместно с органами НКГБ было предписано в 24 часа организовать при городских, районных и уездных отделах (отделениях) НКВД истребительные батальоны по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника численностью 100–200 человек каждый и об исполнении донести по телеграфу. Между особыми отделами (третьими подразделениями), начальниками истребительных батальонов и другими структурами НКВД была налажена постоянная связь и в необходимых случаях организовано взаимодействие.
Однако, несмотря на принимаемые меры, в первые месяцы войны фашистскими диверсантами были выведены в прифронтовой полосе из строя некоторые линии и узлы связи, вследствие чего нарушено устойчивое управление войсками со стороны штабов фронтов и армий. В значительной мере это явилось результатом действий диверсионных групп, засланных гитлеровцами в советский тыл еще накануне войны. Некоторые акции диверсантам противника удалось совершить и в глубоком тылу Советского Союза. Так, в августе 1941 г. на Кировской и Октябрьской железных дорогах было совершено семь диверсионных актов.
К осени 1941 г. руководство органов военной контрразведки осознало необходимость и важность централизованного накопления и анализа данных о деятельности разведывательных органов противника. Между тем фактически сложившийся порядок работы с задержанной вражеской агентурой в органах военной контрразведки не способствовал положительному решению данной задачи. Чтобы исправить положение, особые отделы НКВД фронтов издали ряд распоряжений по улучшению следственной работы по делам арестованной агентуры противника.
Так, в указании особого отдела НКВД Южного фронта от 18 ноября 1941 г. констатировалось, что следствие в особых отделах армий, дивизий, бригад по делам на разоблаченных агентов врага велось поверхностно, не выяснялись детали и обстоятельства, которые можно было бы использовать в розыске другой забрасываемой агентуры (способы связи и т. п.). Это лишало органы безопасности возможности проведения острых контрразведывательных мероприятий, например, по перевербовке агентуры противника. В связи с этим начальник особого отдела НКВД Южного фронта П.В. Зеленин дал указание всё следствие по делам разоблаченной агентуры противника сосредоточить в следственных частях особых отделов НКВД фронта и армий и в особом отделе НКВД по охране тыла фронта. Начальникам особых отделов НКВД армий предписывалось ввести в практику работы по линии контрразведки перевербовку неприятельской агентуры, особенно из числа военнослужащих РККА, изучать методы работы вражеской разведки, ее личный состав и широко использовать полученные данные для сбора разведывательных материалов о войсках противника. Перевербовку и выброску такой агентуры за линию фронта и задания следовало предварительно согласовывать с особым отделом НКВД фронта.