Применение возможностей заградительной службы в ряде случаев сопровождалось и выселением «социально опасных и неблагонадежных лиц» из прифронтовой полосы. К примеру, согласно приказу командования Северо-Западного фронта от 25 июля 1941 г. в трехдневный срок из прифронтовой полосы выселялись по спискам, представленным соответствующими органами НКГБ и НКВД, бывшие кулаки, лица, судимые в прошлом за контрреволюционные преступления, имевшие переписку с родственниками, проживавшими в Германии и Финляндии, а также уголовные преступники и лица, враждебно настроенные к советской власти.
Широко использовались возможности заградительной службы для выявления агентов по признакам фиктивности документов и особенностям экипировки. Разведывательные органы противника в ряде случаев допускали в этом отношении серьезные ошибки. Например, контрразведчики установили, что в фиктивные красноармейские книжки, которыми снабжались агенты, сотрудники немецкой разведки вставляли скрепку из нержавеющей стали, и она всегда была чистой и блестящей. Подлинные же красноармейские книжки соединялись обычной железной скрепкой, которая оставляла ржавые следы, и т. п. Во многих органах военной контрразведки были разработаны специальные памятки-инструкции по правилам проверки документов. Определенную роль в выявлении вражеских агентов по признакам фиктивности документов сыграл приказ НКО СССР № 330 от 7 октября 1941 г., согласно которому в Красной армии вводилась единая красноармейская книжка и устанавливалась особая литеровка документов, менявшаяся через каждые 10–15 дней.
Непосредственной борьбой с противником занимались 6‑е отделения (контрразведывательные) особых отделов НКВД. На них возлагались как розыск вражеских агентов, так и заброска собственных за линию фронта. В начальный период войны такая заброска практиковалась в основном в разведывательных и диверсионных целях, но к осени 1941 г. 6‑е отделения в основном переориентировались на внедрение в разведорганы противника. В июне 1942 г. эта работа была централизована – в составе Управления особых отделов НКВД СССР был создан 10‑й отдел (контрразведывательный) во главе с майором госбезопасности И.И. Горгоновым.
Борьба с разведывательной и диверсионной деятельностью неприятельских спецслужб осуществлялась органами военной контрразведки во взаимодействии с территориальными органами НКВД. Так, 24 июня 1941 г. СНК СССР принял специальное постановление о мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника в прифронтовой полосе. Ликвидация последних была возложена на органы НКВД. В развитие этого постановления народный комиссар внутренних дел СССР Л.П. Берия 25 июня 1941 г. подписал приказ, в соответствии с которым было предусмотрено организовать в НКВД СССР штаб, а в республиканских наркоматах внутренних дел и управлениях НКВД по г. Ленинграду и Ленинградской области, Мурманской, Калининской областям, Карело-Финской, Украинской, Белорусской, Эстонской, Латвийской, Литовской и Молдавской ССР, Крымской АССР, Ростовской области, Краснодарскому краю и западной части Грузинской ССР – оперативные группы, отвечавшие за организацию борьбы с вражескими парашютистами и диверсантами.