В эти годы у Твена проскальзывают уничижительные суждения о буржуазном образе жизни, буржуазной религии, буржуазной морали. Однако боязнь сделать свои критические взгляды на американскую жизнь достоянием широкой гласности и неудовлетворенность в этой связи итогами своего творчества приводят Твена к мысли, что он как писатель не выполняет свой долг, повинен в приукрашивании действительности, в сокрытии истины.
Эта мысль преследует Твена и приводит к пессимизму; он все чаще клеймит человеческий род, говорит, что человек слаб и глуп, что он игрушка в руках злобной судьбы.
Постепенно заработок от книг перестал удовлетворять Твена, и он стал искать другие виды предпринимательской деятельности, обещающие крупные барыши. Основал собственную издательскую фирму, первое время преуспевавшую. Он также вкладывал крупные деньги в некий печатный станок, который предположительно должен был произвести переворот в печатном деле. Однако никакой предпринимательской жилки у него, как и у отца, не было, в его коммерческих планах фантазия и увлечения затмевали расчет, и финансовая катастрофа была лишь вопросом времени. В 1893 году разразился один из сильнейших в истории США экономический кризис, сопровождаемый крахом на бирже и массовыми банкротствами. Обанкротилось и издательство Твена. В поисках выхода он разработал план кругосветного путешествия с публичными чтениями, чтобы расплатиться с долгами. Твен был уже немолод, путешествие могло оказаться для него непосильным. Однако ему удалось погасить основную часть долга. Полностью он рассчитался с кредиторами только в 1898 году.
Твен никогда не считал себя фантастом, но не раз использовал вымысел, чтобы ярче, четче, острее поговорить о современности. Самое знаменитое его фантастическое произведение – роман «Янки из Коннектикута при дворе короля Артура» (1889). Твен написал о путешествии во времени и фактически этим романом положил начало целому направлению в фантастике, которое в последние годы стало необычайно популярным: историям о таких «временных попаданцах», оказавшихся в другой эпохе и пытающихся переделать ее сообразно собственным идеалом, несть числа.
На исходе жизни Твен сполна познал горечь потерь. Издательство, которым он владел, обанкротилось. Умерли дочь Сюзи, старший брат Орион, жена, младшая дочь Джин. Он по-прежнему не решался публиковать многие свои произведения – возможно, из уважения к памяти супруги: она бы наверняка их не одобрила…