13 декабря 1844 г. Его назначают бакалавром нравственного богословия в С.-Петербургскую Духовную Академию. Но когда в 1846 г. его причислили к соборным иеромонахам Александро-Невской Лавры, он подал прошение об увольнении, как бакалавра и помощника инспектора Академии. Он весь, безраздельно хотел отдаться иноческому служению… Скоро промысл Божий указал ему иное призвание: его назначили членом Русской миссии в Иерусалиме, где он пробыл до 1853 года.
Вид Палестины, ее холмов и долин, светлых озер и источников удивительно ярко воскрешает в нашем сознании библейские события. Можно представить, как богато питалась душа о. Феофана священными воспоминаниями. Его влекло в древние обители Палестины, в знаменитую Лавру св. Саввы Освященного… Там он мог и слышать поучительные рассказы и сам наблюдать уединенную жизнь подвижников. В 1855 г. он стал настоятелем посольской церкви г. Константинополя, где многое узнал об Афоне и тамошних подвижниках.
В 1859 году архимандрит Феофан посвящается в епископский сан, с назначением на Тамбовскую кафедру, где он служил до 1863 г. Отсюда его переводят во Владимир, где он открывает женское епархиальное училище и начинает издавать «Владимирские епархиальные ведомости». Как на Тамбовской, так и на Владимирской кафедре Владыка Феофан был неутомим. Он очень часто служит, всегда проповедует, путешествует с целью личного знакомства с паствой, возвращает заблудших в лоно церкви, заботится о духовно-учебных заведениях, открывает церковно-приходские школы, возобновляет храмы Божии – на все простиралось его заботливое архипастырское попечение.
Вскоре святитель Феофан сподобился великого утешения: присутствовать при открытии мощей святителя Тихона Задонского. С юных лет он горел любовью и благоговением к памяти святого Тихона. И здесь, при раке новоявленного святителя, у него сложилось твердое решение идти по его стопам. Оставив Воронежскую кафедру, он удаляется в Задонск, чтобы посвятить себя созерцательной жизни. Как святитель Тихон, так и святитель Феофан решил всю свою ученость посвятить служению Церкви в качестве аскета-затворника.
С 1871 года преосвященный Феофан предался полному затвору в Вышенской пустыни – бедной и как бы затерявшейся в лесах Тамбовской губернии. Для совершения богослужения святитель Феофан устроил себе маленькую церковь, выделив для этого часть гостиной. Вместо иконостаса, была простая занавесь из дешевой материи, которой алтарь был отделен от остальной части церкви. В свою келью, кроме келейника, духовника и настоятеля обители, являвшихся к нему по временам, никого не принимал.