Узнав о великом подвижнике, люди со всех сторон стали письменно обращаться к нему за советами; и святитель Феофан, не нарушая своего затвора, не отказывал никому в духовном наставлении. Ежедневно он писал около сорока ответных писем. В них он выражает отеческую заботу к одним, других наставляет, вразумляет, иным отвечает на те или иные вопросы христианской жизни, тех утешает в скорбях, иных предостерегает от разного рода заблуждений и увлечений. Следя из своего затвора за современною жизнью и мыслью, особенно церковной, святитель Феофан со всею ревностью сильного борца Православия встает на защиту его при первом появлении какого бы то ни было учения, противного духу Православия.
В 1883 г. на письмо одного из племянников, где тот просит у него темы для сочинений, преосв. Феофан отвечает ему следующими словами: «Вы просите тем – их легче решать, чем задавать. Я той мысли, что всего лучше писать о том, что падет на сердце: ибо там настоящий источник речи.– Если со вне нужен толчок, то вот он: нас съедает протестанщина, – пашковство, штунда, толстовщина и подобное – все оттуда. Так берите разные пункты мудрований сих,– и бейте их без милости.– Писали вы о том, что есть истина, и нашли, что она есть только в учении Христовом. Идите далее и решайте, где учение Христово. Решайте так: в слове Божием, понимаемом по учению, устно оставленному Апостолами, и хранимому св. Православною Церковью, – с дополнениями из Предания и того, чего нет в Писании Божием… – Этим положите камень – в основу борьбы с протестантами. Затем можете колотить их очень успешно во всем.– Читайте больше св. отцов и их изучайте, – особенно первых веков (3–4-й). Там дух Апостольский. Ведь и у нас много суемудрецов, которых тоже нужно бить. Если не упустите заняться ими: то они сами направят вас на то, чем надо заняться и что написать» (Из письма к племяннику И. А. Крутикову).
Со временем жизнь святителя Феофана сделалась сокровенною для людей, а ведомою одному Богу. Даже на прогулку, для пользования свежим воздухом, преосв. Феофан в годы полного затвора выходил на балкон при своем флигеле так, чтобы никто не мог его увидеть.
О жизни святителя в полном затворе можно передать небольшие сведения – частично по некоторым его собственным замечаниям, частично по свидетельству близких лиц, наконец, по тому, что открылось в его кельях после его кончины. В церквушке во имя Богоявления Господня, устроенной в келье, он совершал богослужения или вычитывал, что нужно в положенные часы. Там-то он, в первые десять лет полного затвора каждый воскресный и праздничный день, а в последующие годы ежедневно, совершал и Божественную Литургию, также один, «в сослужении ангелов», по выражению одного инока. В алтаре церковке, на стене, по кончине святителя, нашли подвешенный мешочек, весь наполненный записочками с именами лиц, просивших святителя поминать их в своих молитвах.