Междоусобные войны, природные катаклизмы, страшные эпидемии чумы… И к XV–XVI векам перестали существовать почти все цветущие города Чуйской долины. Окончательно прервались торговые и культурные связи между цивилизациями Запада и Востока. Легендарный «шелковый маршрут» канул в Лету.
Почти на триста лет утихла жизнь в Чуйской долине. Лишь отары скота да трубный окрик чабана оглушал порой вековое молчание Тянь-Шанских гор. Междуречье Ала-Арчи и Аламедина стало зимним пастбищем кочевых киргизских племен. Да иногда редкие торговые караваны, идущие из Центральной Азии в Китай или обратно, оживляли эту каменистую пустынную местность.
Как говорили старики, приблизительно в середине XVIII века на развалинах древнего городища Джуль, на берегу Аламединской речки, джигиты Бишкек баатыра (богатыря), предводителя рода солто, воздвигли мощный и довольно укрепленный форпост. Затем на них напали воины казахского султана Аблая. Но киргизы выдержали осаду. Бишкек был бесстрашным, сильным и мужественным джигитом. Похоронили его со всеми почестями на окраине этой крепости, на берегу Аламедина, и воздвигли надгробный гумбез. С тех пор эта местность стала именоваться Бишкеком.
В конце XVIII – начале XIX века межплеменная вражда ослабила киргизов. Этим воспользовалось воинственное Кокандское ханство. Кокандцы захватили территорию Чуйской долины и в 1825 году воздвигли здесь крепость, которая стала называться Пишпек (также по имени легендарного баатыра, звучание которого со временем видоизменилось). По другой версии, название крепости произошло от древнего названия горы – «Пишкух», или «Счастливая гора», – святое место, где издавна совершались различные обряды. Да и само имя легендарному киргизскому баатыру, возможно, дали в честь его рождения у горы Пишкух…
Крепость имела внушительный вид. Размещалась она на высоком холме, где ранее находилась цитадель средневекового города, занимала шесть гектаров. Опоясывал крепость бастион, стены которого достигали до четырех метров в толщину и около пяти в высоту. Бастион окружал ров, заполненный водой. За внешней стеной находилась центральная часть крепости, еще более укрепленная. Новые хозяева даже провели керамический трубопровод. На видном месте кокандцы возвели виселицу, которая возвышалась над глинобитными стенами, а внутри крепости построили мечеть и зиндан (подземная тюрьма) – для духовного и физического порабощения киргизского народа.