Пишпек был самой крупной кокандской крепостью в Чуйской долине, административно-политическим и торговым центром Кокандского ханства на киргизских землях. Здесь располагалась ставка кокандского бека. Крепость стала важным опорным пунктом ханства на этой территории. Выгодное ее расположение позволяло контролировать маршруты местных кочевников с летних пастбищ на зимние, а также проезжих торговцев в направлении Иссык-Куля и Семиречья и собирать таможенные платежи. Постепенно вокруг крепости стали селиться ремесленники и торговцы. К середине XIX века в Пишпеке насчитывалось около тысячи дворов.
Кокандцы жестоко угнетали чуйских киргизов. Между крепостным начальством и влиятельным манапом племени солто Байтиком постоянно возникали распри. Однажды киргизы пригласили кокандского наместника Рахматуллу в гости в аил Байтика. Во время пира произошла ссора. Рахматулла пытался сбежать, но его догнали манапские баатыры и смертельно ранили. Опасаясь мести, Байтик послал своего брата в Верный, где дислоцировался русский военный отряд. На помощь взбунтовавшимся киргизам пришли силы Колпаковского. Десять дней длилась осада Пишпека. Кокандцы упорно оборонялись, но им пришлось сдаться. Крепость разрушили, оборонительные сооружения уничтожили. А внешние стены разгромили киргизы из ближайших аилов.
В 1867 году Байтика пригласили в Москву и Петербург на годовщину коронации Александра II. Умер он в 1886 году. Киргизы сохранили добрую память о Байтике-баатыре. В начале XX века над его могилой воздвигли мавзолей.
За взятие Пишпека в 1862 году Герасима Алексеевича Колпаковского произвели в генерал-майоры. К 1863 году на территории Чуйской долины ликвидируется власть Кокандского ханства, а ее население входит в состав царской России.
Как русское военное укрепление крепость восстанавливать не стали. Местное население было настроено доброжелательно. В это время у крепостных стен проживали прежние жители, а также семьи бывшего гарнизона кокандской крепости. Там был создан небольшой военный пост. Солдаты построили конно-почтовую станцию и глинобитный редут. Почтовое сообщение стало натуральной повинностью киргизов, а станционные домики позже послужили основой для создания переселенческих поселков. На месте пишпекских развалин образовался укрепленный военный городок. Затем возле него появился небольшой торговый базар и возникло поселение, которое со временем укрупнялось и заселялось «пришлыми» людьми.