Поражение в Крымской войне, как часто случалось в Русской истории, привело к большим положительным последствиям. Поняв отсталость, началось постепенное проведение реформ. В 1860 году произошла отмена крепостного права.
Оказавшись в дипломатической изоляции, Россия стала заниматься исключительно своими проблемами, в том числе и в Средней Азии.
Завершение Крымской и Кавказской войн высвободило ресурсы Российской империи и позволило активизировать действия на этом направлении. К середине девятнадцатого века промышленное развитие России, особенно легкой промышленности, и необходимость в рынках сбыта, вынуждали правительство ускорить захват среднеазиатских государств, превратить их в полностью зависимые от России. Средняя Азия становилась важным рынком сбыта товаров и одновременно поставщиком, выращиваемого здесь хлопка.
В 1860 году Русские войска разбили двадцатитысячное кокандское войско. В июне 1864 года взяли крепости Туркестан, Чимкент. В 1865 году была образована Туркестанская область. Летом 1866 г. присоединен Ташкент к владениям Российской империи. В 1867 году создается Туркестанское генерал-губернаторство в составе Сырдарьинской и Семиреченской областей с центром в Ташкенте.
В мае 1866 году трехтысячный отряд генерала Д. И. Романовского разгромил 40 тысячную армию бухарцев. В мае-июне 1868 г. сопротивление бухарских войск было окончательно подавлено. Русские войска заняли Самарканд. В июне 1873 г. завоевали Хиву. Бухарское и Хивинское ханства перестали существовать. 2 марта 1876 г. после подавления генералом Скобелевым восстания местных феодалов и духовенства, упразднили Кокандское ханство. Вместо него была образована Ферганская область в составе Туркестанского генерал-губернаторства. Первым военным губернатором стал Скобелев. Ликвидацией Кокандского ханства закончилось завоевание Россией среднеазиатских ханств, продолжавшееся почти тридцать лет.
После включения в состав Российской империи Туркмении, в декабре 1881 года в Тегеране была подписана конвенция о границе между русскими и персидскими владениями к востоку от Каспийского моря. Персы симпатизировали русским, прекратившим набеги туркмен, разорявших их поселения. Освобождение русскими войсками персов, угнанных туркменами в рабство и плен, усиливало симпатии к русским.