Он принял деятельное участие в первом всеславянском съезде в Праге – съезде, который в итоге вылился в открытую революцию 12 июня 1848 года против Габсбургов. Бакунин стал одним из главных вождей этой революции. Когда революция была подавлена войсками, он сбежал в Пруссию, но и там вспыхнуло восстание в мае 1849 года, и там также принял активное участие, окончившимся также неудачно. На этот раз ему не удалось сбежать, и его приговорили к смерти, заменённой двадцатилетней каторгой. Позже в 1851 году выдали царю Николаю I, и находиться в заточении приходилось именно на Родине, позже отправили в ссылку в Сибирь. Измученный долголетним сидением в тюрьме, он пишет в Петропавловской крепости покаянную «Исповедь», где кается в своих грехах и заблуждениях, но это было тактическим ходом, чтобы облегчили приговор и выйти раньше. В 1861 году Бакунину удаётся сбежать из Сибири через Японию и Америку в Англию, где он является к Герцену. Однако, тот слишком радикален для Герцена, который хоть и не рвал связи с Бакуниным, но держал его подальше от себя. В 1863 году с группой русских добровольцев принимает участие в польском восстании, но оно заканчивается неудачно, и ему еле удаётся спастись.
В течении 60-ых годов Бакунин разрабатывает собственное анархическое учение, а также принимает активное участие в организации революционного движения. За эти годы, под влиянием тяжёлых испытаний, в Михаиле происходит новый переворот. К примеру, если раньше он был по-своему религиозен, то теперь он стал полным атеистом. Но отмечал, что можно подвести христианскую базу, под дело революции. И наконец-то, мы уже подошли к самой философии Бакунина, которое неразрывно связано с его жизнью. Даже в старости Бакунин не потерял того большого энтузиазма, он становится пророком демократии, которая для него – мост к анархизму. Бакунин говорил о создании новой религии, религии демократии, ибо не в отдельном лице присутствует бог, а только в обществе. Характерно, что Бакунин видел идеал именно в демократии, а не в социализме, свобода человека и дух свободного братства были для него главным содержанием демократии, а идея равенства была подчинена идее свободы. Поэтому социализм был лишь временным союзником, и в этом главный идеологический корень его расхождений с Марксом. Михаил Бакунин и Карл Маркс ввели несколько лет борьбу за сознание рабочего класса, и в этой борьбе победил Маркс, как больший реалист и как лучший организатор. Для Бакунина «самодержавный коммунизм» был даже худший столь ненавистный ему царизм.