Однозначной трактовки значения гидронима «Вишера» нет. Специалисты по топонимике сходятся во мнении о таинственности этого названия.
Известно, что жившие тут манси (вогулы) называли реку иначе – Пассер-Я, что означает «большая вода». То есть современное название пришло извне. Наиболее вероятно, что гидроним Вишера возник в европейской части России, а позже перешел на Урал вместе с новгородцами, у которых еще в X – XI веках здесь пролегал водный путь. Они могли дать название по аналогии с родными местами. Название Вишера носят несколько рек Русского Севера. Это притоки Волхова и Вычегды, также приток Вишерка есть у Колвы. Кроме того, в наши дни в Новгородской области есть населенные пункты Малая и Большая Вишера.
Лингвисты считают наиболее вероятным, что гидроним возник в бассейне Волхова. В его основе лежит древнерусский летописный этноним «весь». Племя весь (его потомками являются современные вепсы) обитало в Белозерье. Волховское название состоит из слов «весь» и «сара» – «ответвление, рукав, небольшая река». То есть ответвление реки, принадлежащее племени весь. Новгородцы изменили «Весь-сара» в «Вишера». Это наиболее распространенная гипотеза.
Есть и другие версии. Известный уральский лингвист А. К. Матвеев предполагал, что в основе имени реки – древнее финно-угорское название со значением «водный путь». Например, на венгерском «viz-er» означает «поток воды», а на языке коми «ва» – «вода» и «шор» – «ручей». Однако позднее Матвеев выдвигал предположение, что Вишера означает «Полуночная (Северная) река» в каком-то из финно-угорских языков. Тем более коми называют реку Висер или Висьор, но что означает это слово – они не знают.