Академию Кемаль окончил пятым по успеваемости, что позволило ему сразу же получить чин капитана и быть причисленным к корпусу офицеров Генерального штаба. Стать командиром или начальником штаба полка или дивизии, не окончив академию Генштаба, было практически невозможно. Выпускники академии росли в чинах значительно быстрее, чем другие офицеры.
Но тут в карьере Мустафы Кемаля возникло неожиданное препятствие. Дело в том, что в академии Кемаль впервые всерьез занялся политической деятельностью. Он объединил вокруг себя группу офицеров, недовольных реакционным и репрессивным режимом султана Абдулы-Хамида II, опиравшимся на идеи панисламизма. Вместе со своими друзьями Исмаилом Хакки и Али Фуадтом Кемаль стал издавать подпольную рукописную газету. Но вскоре после окончания академии тайная полиция султана выследила и арестовала всех трех по обвинению в противозаконной критике султана. Они провели десять дней под стражей. Однако вмешались высокопоставленные офицеры Генштаба, и Кемаля и его друзей освободили. Но досье Кемаля было передано в специальный штабной директорат, контролировавший распределение выпускников академии. И там решили на всякий случай отправить Кемаля и его друга Али Фуада подальше от столицы, в штаб 5-й армии в Дамаск. Казалось, что их карьера надолго застопорилась, но вскоре произошли события, которые ее ускорили. И так в дальнейшем не раз случалось в жизни Кемаля. Очередная опала или неудача становились лишь ступеньками на пути к конечной победе.
Как пишет азербайджанский историк Г.З. Алиев, «Мустафа Кемаль после окончания военной академии в январе 1905 г. был арестован властями за политическую неблагонадежность. Будучи освобожден через два месяца (на самом деле – через 10 дней. – А. В.), он был направлен на обязательную стажировку, предусмотренную для выпускников военной академии, в кавалерийский полк Пятой армии, расположенной в Дамаске, хотя ранее, по просьбе самого Кемаля, стажировка должна была проходить в Третьей (македонской) армии, расположенной на родине Кемаля в Салониках». Конечно, Кемаль огорчился, что ему не довелось служить на родине, но можно сказать, что в целом он легко отделался.
Начало военной карьеры и политической борьбы
После выпуска новые офицеры Генерального штаба должны были отслужить во всех трех основных родах войск: пехоте, артиллерии и кавалерии, чтобы познакомиться с армейской жизнью и основными системами вооружений. Это делалось для приобретения практического опыта. При этом не предполагалось, что офицер Генерального штаба будет далее служить в той части, где он проходил практику.