13 октября 1941 года начались ожесточенные бои за Москву. 15 октября большая часть правительства СССР, министерства и ведомства, а также иностранные посольства были эвакуированы в Куйбышев. 16 октября Москву охватила паника.
По запруженным повозками и гудящими автомобилями улицам ветер носил хлопья пепла – в государственных учреждениях жгли документы и архивы. К вокзалам и автобусным станциям сплошным потоком двигались люди с рюкзаками за плечами и узлами со скарбом в руках. Общественный транспорт практически не работал. Андрей с большим трудом добрался до университета, где встретил растерянных товарищей по курсу. Никто не имел ни малейшего понятия, что будет дальше.
Андрей и ещё несколько студентов направились в партком университета. Нашли председателя парткома. Спросили, что им делать. И тот закричал: «Спасайся, кто как может!».
Спустя неделю университет с преподавателями и студентами стал собираться в эвакуацию в Ашхабад. 23 октября на вокзале Сахаровы провожали Андрея – он должен был добраться электричкой до Мурома, чтобы там присоединиться к эвакуационному эшелону. Месяц спустя Андрей узнал, что в тот же день в их дом в Гранатном переулке попала авиационная бомба. Дом был разрушен, но никто из членов семьи не пострадал.
До Мурома пришлось добираться «на перекладных». Был момент, когда Андрей ехал на открытой платформе, с разбитыми танками, которые везли на ремонтный завод.
Десять дней собравшиеся в Муроме студенты и преподаватели Московского университета ждали воинский эшелон. Сахаров потратил это время на чтение трудов Якова Ильича Френкеля по квантовой механике и теории относительности. И по словам самого Андрея Дмитриевича «как-то сразу очень много понял». Возможно, это была защитная реакция организма – Андрей полностью сосредоточился на науке, пытаясь отгородиться от ужасов войны.
А потом целый месяц университетские добирались в теплушках до Ашхабада. Дорога была долгой и богатой на впечатления. Для Андрея этот месяц пути стал первым и, по словам самого Сахарова, запоздалым выходом из семейного круга, первым контактом со студенческой средой и… девушками. Человек неразговорчивый, всю дорогу Андрей помалкивал, читал книги Френкеля и прислушивался к разговорам.
Каждый вагон был оснащён двухъярусными нарами на 40 человек, с печкой посередине. Время коротали интеллектуальными играми (играли в «Остаповедение»). Читал лишь один Андрей.