Через год Кароля перевели в Краков – в ноябре 1941 года он стал работать на химическом заводе «Сольвей» в отделе реализации. И это была уже совсем другая работа. Вместо изматывающего физического труда дело приходилось иметь с бумагами и складскими запасами продукции завода. Платить ему стали больше – Кароль не оставлял надежды вылечить отца.
Жили они, как и все поляки, бедно, голодно и в постоянной тревоге. Отец переживал, чтобы сына не угнали в Германию – о жизни подневольных рабочих ходили ужасающие слухи. Но работа на заводе по-прежнему оставалась более-менее надёжной защитой.
Сведений о жизни Войтылы в те дни осталось немного. Всегда аккуратный в своих записях, Кароль даже перестал вести дневник, чтобы в случае ареста не навредить друзьям и знакомым. Чего именно он опасался, стало известно лишь после войны. Кароль и его товарищи по католическому сообществу спасали от концлагерей польских евреев. В оккупированной нацистами Польше за это полагалась смертная казнь.