Этот спад был в некоторой степени компенсирован, правда случайным, но все же крупным успехом подводной лодки U-29, потопившей английский авианосец «Корейджес». Находясь на позиции к юго-западу от Ирландии, лодка вечером 17 сентября обнаружила патрулировавший авианосец, который шел со скоростью 15 уз. в охранении двух эсминцев, и атаковала его в момент маневра для принятия на борт возвращающегося самолета. В борт авианосца попали две торпеды, и через 20 минут он затонул.
28 сентября 1939 г. на очередном совещании у Гитлера главнокомандующий флотом Редер, доложив об окончании первой фазы подводной войны в Атлантике и в Канале, подчеркнул решающее влияние на успехи лодок политических ограничений[18]. В частности, по его мнению, только эти обстоятельства помешали действиям лодок против крупных конвоев, направлявшихся из Северной Африки во Францию, и минированию подходов к северным французским портам для помехи переброске туда английских экспедиционных войск.
Вслед за этим гитлеровское руководство провело еще ряд мер по ограничению деятельности лодок. Была подчеркнута необходимость особой осторожности при действиях против судоходства нейтральных стран. Приказы, данные командирам лодок, обязывали их прежде, чем атаковать судно, устанавливать, вооружено ли оно, какому государству принадлежит, в каком направлении следует, что везет и т. п. Это лишало атаки внезапности, создавало угрозу для лодок и снижало решительность их действий.
В октябре операции подводных лодок продолжали оставаться разрозненными и нецелеустремленными. Перевозка английских войск во Францию проходила почти без помех, так как в районе Канала действовали всего две-три лодки, да и те, не решаясь всплывать, редко обнаруживали конвои и еще реже атаковали их. К тому же лодки начали нести потери. В сентябре погибли U-39 и U-27. 8 октября в Дуврском проливе подорвалась на мине и затонула U-42.
10 октября из Вильгельмсгафена вышла с задачей прорыва через Дуврский пролив U-40. С учетом опыта первой мировой войны командир лодки рассчитывал форсировать минные заграждения через 3 часа после полной воды при скорости течения полтора уза. Однако в 3.00 13 октября лодка подорвалась на мине и затонула.
С 10 по 16 октября лодки предприняли первую попытку атаковать конвой методом подвижной ударной группы под руководством командира флотилии, находившегося на борту U-37. Однако результаты атаки оказались незначительными: подводные лодки U-37, U-46 и U-48 потопили из состава конвоя только три судна.