Пользуясь безграничным доверием Павла I, в течение трёх лет (с 1798 по 1801) Пален был военным губернатором Санкт-Петербурга, инспектором 6 военных инспекций, великим канцлером Мальтийского ордена, главным директором почт, членом совета и коллегии иностранных дел.
В августе 1800 г. граф Пален был не на долго (до 21 октября) уволен с должности губернатора, так как император на случай готовившейся им войны с Англией поручал ему командование одной из армий, собиравшейся в то время у Брест-Литовска. На пробных маневрах Павел остался им так доволен, что тут же, близ Гатчины, возложил на него большой крест Мальтийского ордена.
Пока Пален руководил жизнью столицы (1798—1801), им был утвержден городской устав (1798), окончено возведение Михайловского замка и здания Морского кадетского корпуса, на Марсовом поле появились памятники П. А. Румянцеву и А. В. Суворову, в столицу перемещён из Кронштадта чугунолитейный завод.
В последние месяцы своего пребывания во властных структурах, помимо руководства столицей, он заведовал и всей внешней политикой.
Более того, устроив опалу своему конкуренту в ближайшем окружении императора Ф. В. Ростопчину, Пален занял вместо него место первоприсутствующего члена Иностранной коллегии.
Кроме того, он ещё более усилил своё значение с приобретением (18 февраля 1801) поста главного директора почт, позволявшего ему просматривать корреспонденцию своих врагов.
Так или иначе, но его добродушие, весёлость, беззаботность были всего лишь маской под которой скрывался совсем другой человек, который вскоре показал свое истинное лицо.
А затем случилось то, что случилось!
В ночь на 12 марта 1801 г. от «апоплексического удара» скончался русский монарх Павел I!
На самом деле, вот чтослучилось…
Будучи исключительно проницательным человеком, Петр Алексеевич, чувствуя всю непрочность своего положения при государе «с повадками бенгальского тигра», возглавил заговор высокопоставленных сановников против императора, сложившийся еще в 1800 г.
Душа и организатор заговора Пётр Пален – петербургский генерал-губернатор и глава тайной полиции – в нем играл двойную роль, стараясь в случае неудачи отойти от участия в нём. Он добился от императора письменного повеления арестовать наследника и показал его Александру Павловичу, чтобы побороть его колебания в необходимости заговора.