Как считал литературовед и архивист Виктор Лосев, подготовивший полное издание черновиков и рукописей романа, первые мысли о такой книге появились у Булгакова в середине 20-х, в период яростной борьбы с христианством на государственном уровне. Булгаков рассматривал явление как целенаправленное уничтожение основ тысячелетней русской духовности и государственности. Вероятно, тогда, в 1926 году Булгаков уже задумывался над будущим романом «Мастер и Маргарита», где отразились научные интересы отца, А. И. Булгакова, а именно история Христианства.
В тот период выходило множество антирелигиозных книг и статей, в частности журнал «Безбожник», в редакцию которого Булгаков в январе 1925 года нанес визит. «Когда я бегло проглядел у себя дома вечером номера «Безбожника», был потрясен… Иисуса Христа изображают в виде негодяя и мошенника… Этому преступлению нет цены. А сову эту я разъясню».
Внимание Булгакова привлекали многие проблемы, но более всего его интересовало состояние человеческого духа в новой социальной среде. К великому своему огорчению, он подмечал, что значительная часть населения прежней России слишком быстро сумела освободиться от традиционного уклада жизни.
Культивирование низменных инстинктов на ниве невежества приобретало все более массовый характер и грозило духовному вырождению народа… Писатель был чуток к малейшим проявлениям несправедливости и некомпетентности.
Написав роман о дьяволе в двух редакциях, первые редакции романа Булгаков уничтожил. В одном из своих писем П. С. Попову Булгаков с иронией заметил: «Печка давно сделалась моей излюбленной редакцией». Попытки вернуться к роману были у писателя в 1930 и 1931 годах, и окончательное возвращение к нему состоялось в 1932 году.
2 августа 1933 года Булгаков сообщал своему другу писателю В. Вересаеву: «…задыхаясь в моих комнатенках, я стал марать страницу за страницей наново тот свой уничтоженный три года назад роман. Зачем? <… > Пусть упадет в Лету!»
Работа над «Мастером и Маргаритой» продолжалась в общей сложности 12 лет. Изначально Булгаков видел книгу комической повестью о пребывании в «красной столице» «маэстро» Воланда и хотел дать то название «Копыто инженера», то «Жонглер с копытом», то «Великий канцлер», то «Князь тьмы», то «Черный маг», то просто «Роман». В нем автор представил панораму событий – фантастических и реальных – призванную раскрыть происходящие в стране перемены, особенно в области духовно-нравственной. Для своего произведения писатель делал выписки из богословских трудов, энциклопедических словарей и философских учений по темам: «О дьяволе», «Иисус Христос», «О боге».