11 июля приказом Реввоенсовета Республики командующим войсками Северного района Ярославского фронта был назначен А.И.Геккер, архангельский окружной военный комиссар, командующий Вологодским тыловым районом. В соответствии с приказом А.И.Геккер должен был взять в свои руки общее руководство военными действиями по разгрому ярославского мятежа.
13 июля командующим войсками Южного района Ярославского фронта был назначен Ю.С.Гузарский.
Первоначально штаб Геккера расположился в г. Данилове. В распоряжении штаба находились 1-й Архангельский и 1-й Вологодский полки, Костромской сводный отряд, 6-й и 8-й латышские полки и некоторые другие части. Штаб установил связь и подчинил себе те отряды красных войск, которые действовали в районе Ярославля. 12 июля красные части захватили железнодорожный мост через Волгу, 14 июля – станцию Филино, куда 17 июля переместился из Данилова штаб Геккера. Кольцо красных войск вокруг Ярославля сжималось всё плотнее.
Стало ясно, что ликвидация мятежа – дело нескольких ближайших дней. 17 июля полковник Перхуров вместе с группой соратников примерно в 50 человек прорвался на пароходе из Ярославля на Толгу и пытался возобновить военные действия в Заволжье, в тылу красных войск. Когда это не удалось сделать, он ушёл в Кострому, оттуда в Казань, попал в армию Колчака, где был представлен к званию генерал-майора. Служил в колчаковской армии до её разгрома. В 1922 году был осуждён в Ярославле и расстрелян по приговору военного трибунала.
Поражает, как могли несколько сотен офицеров и поддержавших их горожан на протяжении 16 дней – с 6 по 21 июля – отражать атаки превосходящих сил противника. Не надеясь на своих солдат, руководители красных решили применить «убойный аргумент» для подавления восстания – артиллерию. По городу, как признался в своих воспоминаниях один из лидеров большевиков – Александр Громов, было выпущено 75 тысяч снарядов. В ответ восставшие сделали только 500 выстрелов из двух орудий, которые смогли захватить в первый день восстания. Снаряды у них кончились на второй или третий день, пушки замолчали. Несмотря на это, большевики с каждым днём усиливали артиллерийский обстрел Ярославля.
После ухода Перхурова боевые действия в Ярославле были продолжены под руководством генерала П.П.Карпова. 19 июля красные полностью овладели Тверицами. На следующий день началось их решительное наступление в центр города, и ещё через день, 21 июля, над городом появились белые флаги.