Пытаясь спастись и не попасть в руки красных, штаб перхуровских войск «сдался в плен» находившейся в Ярославле германской военной миссии, которая занималась вопросами отправки немецких военнопленных на родину. Поначалу германская военная миссия объявила перхуровцев своими пленными, но это не помогло. Оставшиеся в живых организаторы и участники мятежа оказались в руках красных.
Продолжавшиеся целых шестнадцать дней кровавые события в Ярославле завершились. Но город после мятежа представлял собой страшную картину. Корреспондент одной из газет, прибывший в Ярославль сразу же после окончания боевых действий, дал следующее описание увиденного: «Былого, красивого Ярославля более нет, – писал он. – Нельзя сказать: нет Ильинской улицы или погибла в огне Владимирская улица. Нужно сказать: погибло всё, кроме куска центра и вокзальной части города. Торчат одинокие трубы домов, куски кирпичных закопчённых стен, остовы обгорелых деревьев. Валяются куски железа, кирпичи, обожжённые чугуны и горшки и прочая домашняя утварь. Пожарная вышка разрушена. На Сенной площади все лари сгорели. Телеграфные столбы свалены и обгорели. В уцелевших домах выбиты все стёкла. Цирк изрешечён снарядом…»
Полностью была разрушена треть Ярославля. 28 тысяч жителей остались без крыши над головой. Сгорело или было разрушено 20 промышленных предприятий, здание Демидовского юридического лицея, Некрасовская библиотека, реальное училище и т. д. Общий материальный ущерб городу составил более 124 млн золотых рублей. В городе долгое время не было водопроводной воды. Начались эпидемии. По-прежнему не хватало продовольствия. Жить в городе было невозможно, и часть ярославцев была вынуждена покинуть его. Население Ярославля к началу осени 1918 года сократилось до 76 тыс. человек, то есть стало меньше на 50 тысяч.
Первые артиллерийские обстрелы Ярославля стали причиной возникновения пожаров в центре города. По воспоминаниям очевидцев, уже ночью с 6 на 7 июля они видели, как «весь город пылал в огне». Большевик Григорий Петровичев, который в первый день восстания уехал в Ростов и вернулся в Ярославль поздно вечером 7 июля, увидел горящий Ярославль. «Московское шоссе освещалось заревом пожаров Спасского монастыря, дома Сочина (угол Московского проспекта и Малой Пролетарской) и справа лицея. На Туговой горе ухало орудие, посылавшее в город снаряды. Ночь была тихая, отсутствие паровозных свистков и суетливой толкотни на шоссе и у вокзала придавало ещё больше тишины. Эхо от выстрелов орудий, ничем не заглушаемое, разносилось далеко по окрестности», – писал он по итогам событий.