Царскую семью разместили в реквизированном доме военного инженера Н.Н.Ипатьева под руководством коменданта А.Д.Авдеева. Дом Ипатьева назывался «домом особого назначения». Режим содержания, по сравнению с Тобольском, был ужесточён. Здесь семья провела последние 78 дней жизни. Вместе с Романовыми в Екатеринбург приехали их приближённые и слуги. Кто-то был расстрелян почти сразу, кого-то арестовали и убили несколько месяцев спустя. Кто-то выжил и впоследствии смог рассказать о том, что происходило в Ипатьевском доме. Жить с царской семьёй остались лишь четверо: доктор Боткин, лакей Трупп, горничная Нюта Демидова и поварёнок Леонид Седнев. Он станет единственным из заключённых, кто избежит расстрела: в день перед убийством его уведут.
Николай любил заниматься физическим трудом: пилить дрова, работать в саду, чистить лёд. После переезда в Екатеринбург всё это оказалось под запретом.
«Дом хороший, чистый, – писал в дневнике Николай. – Нам были отведены четыре большие комнаты: спальня угловая, уборная, рядом столовая с окнами в садик и с видом на низменную часть города и, наконец, просторная зала с аркою без дверей». Комендантом был Александр Авдеев – как рассказывали о нём, «большевик самый настоящий» (позже его заменит Яков Юровский). В инструкции по охране семьи говорилось: «Комендант должен иметь в виду, что Николай Романов и его семья являются советскими арестантами, поэтому в месте его содержания устанавливается соответствующий режим».
Инструкция же предписывала коменданту быть вежливым. Но при первом обыске из рук Александры выхватили ридикюль, который она не хотела показывать. «До сих пор я имел дело с честными и порядочными людьми», – заметил Николай. Но получил ответ: «Прошу не забывать, что вы находитесь под следствием и арестом». От окружения царя потребовали называть членов семьи по имени и отчеству вместо «Ваше Величество» или «Ваше Высочество». Александру это по-настоящему покоробило.
Авдеев утверждал, что в день полагалось два часа прогулки. Но Николай в дневнике писал, что в день разрешалось гулять лишь час. На вопрос «почему?» бывшему царю ответили: «Чтобы было похоже на тюремный режим».
Всем арестантам был запрещён любой физический труд. Николай просил позволения чистить сад – отказ. Для семьи, все последние месяцы развлекавшейся лишь колкой дров и возделыванием грядок, это было непросто. Поначалу арестанты даже не могли сами кипятить себе воду. Только в мае Николай записал в дневнике: «Нам купили самовар, по крайней мере не будем зависеть от караула».