Третий свиток, так же как и первый, представляет собой каталог инструментов, но более расширенный. Здесь уже есть не только названия, но и описание, и объяснение их использования. Однако третий свиток не содержит иллюстраций, хотя в нём есть ссылки на какие-то рисунки. Возможно, третий свиток имел всё-таки какие-то иллюстрации, но при переписывании, их не посчитали нужным добавить, так как они повторяли иллюстрации инструментов из второго свитка.
Но наибольший интерес для нас представляет четвёртый свиток, в котором даны методы ниндзюцу, применявшиеся в эпоху Сэнгоку. Этот свиток начинается с главы о подготовке к выполнению тайной миссии. Говорится, что самое важное, что всегда должен иметь виду синоби, это язык и образ жизни жителей той провинции, куда он направляется. Рекомендуется сходясь с простолюдинами выдавать себя за другого, используя маскировку под монаха, ямабуси, купца, ронина, и даже просто уличного бродягу. Как видно, той стройной систематизации ролей для маскировки, которую можно обнаружить в трактате «Сёнинки» – ситиходэ (семь способов выхода), во время написания «Синоби хидэн» пока ещё не существовало. Впрочем, и ситиходэ имело дело лишь с общими принципами, это не какая-то застывшая догма. Поэтому ролей для маскировки может быть больше, чем семь указанных.
Завершают четвёртый свиток «Синоби хидэн» краткие описания основных способов проникновения в дом к противнику.
В версии клана Нагата имеется заключительный свиток, которого нет в других версиях, например в версии Окимори Наосабуро, репринт которой был опубликован в 1971 г. издательством «Окисин сётэн». Этот свиток считается утерянным, его нет в других редакциях трактата. И так, как в этом свитке стоят подписи и Хаттори Хандзо и Като Сакудзаэмона, и некого Нагата Сантэн, и помимо прочих дат стоит 1843 год, остаётся только гадать: был ли этот свиток в составе трактата, когда Като Сакудзаэмон его переписывал в 1731 г., или он как и заключительная часть «Бансэнсюкай» свиток «Гунъё хики», был добавлен позже, и в составе трактата его никогда не было.
«Утерянный» свиток включает в себя перечень восемнадцати заметок о принципах ниндзя в мирной жизни и сорока заметок о секретных военных техниках, унаследованных ещё от китайских военачальников сотни лет назад. Здесь также, дано каталожное описание инструментов и принципов ниндзюцу, что говорит о том, что свиток был лишь подспорьем, «памяткой» для человека погружённого в традицию.