Однако, настоящая наука о физиологии начала формироваться в XVII веке с открытия кругов кровообращения английским врачом Уильямом Гарвеем. Также в это время французский ученый Рене Декарт ввел понятие рефлекса, описав механизмы передачи информации в мозг и обратного движения двигательного ответа. В следующие века были сделаны важные открытия, такие как теория трехкомпонентной природы цветового зрения Михаила Ломоносова и Германа Гельмгольца, исследования функций нервной системы Ганса Прохазки, а также открытия Луиджи Гальвани о электрической активности нервов и мышц.
В XIX веке, физиолог Чарльз Шеррингтон предложил интегративную концепцию нервной системы, которая стала основой для многих последующих исследований. Также в этот период, итальянский ученый Анджело Моссо провел первые исследования утомления, а Иван Тарханов обнаружил изменения постоянных потенциалов кожи при раздражении, известные как «феномен Тарханова».
В XIX веке И. М. Сеченов (1829—1905), известный как «отец русской физиологии», внес важные вклады в развитие многих областей физиологии. Его исследования о газах крови, процессах утомления и «активного отдыха» сыграли ключевую роль, а его открытие торможения в центральной нервной системе в 1862 году, известное как «Сеченовское торможение», и разработка физиологических основ психических процессов человека, изложенные в его работе «Рефлексы головного мозга» (1863 год), показали рефлекторную природу поведенческих реакций человека.
Дальнейшее развитие идей Сеченова происходило по двум основным направлениям. С одной стороны, Н. Е. Введенский (1852—1922), работая в Санкт-Петербургском Университете, углубился в изучение тонких механизмов возбуждения и торможения, представив физиологическую лабильность как скоростную характеристику возбуждения и учение о парабиозе как общей реакции нервно-мышечной ткани на раздражение. Его ученик, А. А. Ухтомский (1875—1942), продолжил эту линию исследований, раскрывая процессы координации в нервной системе, открывая явление доминанты и роль усвоения ритма раздражений.
С другой стороны, И. П. Павлов (1849—1936) на протяжении хронического эксперимента на целостном организме впервые сформулировал учение об условных рефлексах и разработал новую главу физиологии – физиологию высшей нервной деятельности. За свои работы в области пищеварения он был удостоен Нобелевской премии в 1904 году, став одним из первых русских ученых, награжденных этой престижной наградой. Физиологические основы поведения человека и роль сочетанных рефлексов были дальше разработаны В. М. Бехтеревым.