В начале войны он, как и многие жители Ленинграда, был направлен на строительство оборонительных сооружений – иными словами, рыл окопы на подступах к городу. Пережил самый страшный период блокады – зиму 1941–1942 годов. В 1942 году К.Г. Молодецкий вместе с сотрудниками института был эвакуирован на Северный Кавказ, который вскоре после этого был захвачен немцами. Судя по процитированному выше письму, в 1943 году он направился на запад вместе с отступающими немцами и после войны оказался в Германии.
В 1949 году он стал преподавателем расположенного в городе Гармиш-Партенкирхен Русского института сухопутных войск США>1. Этот институт, как это ни удивительно для учебного заведения, в котором готовят разведчиков, в начале 1970-х годов стал довольно широко известен в Советском Союзе – именно в нем работал сыгранный Георгием Жженовым разведчик Михаил Тульев из фильма «Судьба резидента». Сотрудничал Г.К. Молодецкий и с мюнхенским Институтом по изучению истории и культуры СССР, в котором он стал одним из основателей и в котором работали многие видные деятели антисоветской эмиграции, в частности Н.А. Троицкий и А.Г. Авторханов.
В июне 1951 года он с женой, сопровождавшей его все это время, переехал в США, где преподавал сначала в Дартмутском колледже, а затем в Русском институте Колумбийского университета>2. В 1958 году он стал доцентом Института современных российских исследований Фордемского университета в Нью-Йорке>3, где и проработал до выхода на пенсию в 1970 году. Скончался К.Г. Молодецкий 15 января 1994 года в городе Лейквуд, штат Нью-Джерси, в возрасте 91 года.
В США К.Г. Молодецкий вел активную научную и общественную жизнь, много выступал с лекциями, опубликовал множество научных статей и ряд книг. Помимо «Осады Ленинграда», вышедшей в 1952 году в Издательстве им. Чехова – крупнейшем эмигрантском издательстве того времени, – у него вышли книги «Северный морской путь: его место в российской экономической истории до 1917 года» (1953 год, на английском языке), «Северный морской путь и экономика Советского Севера» (1956 год, на английском языке) и «История советского образования и его изучения в США» (1978 год, на русском языке). Все эти книги К.Г. Молодецкий опубликовал под псевдонимом Константин Криптон. В 1970–1980-х годах им был опубликован также ряд статей по истории церкви в журналах «Православная Русь», «Вестник русского студенческого христианского движения» и «Континент».