Своего апогея русское присутствие на Нижнем Дунае достигло в 1828 году. По условиям Адрианопольского мира Россия получала контроль над всей дельтой реки, включая единственно пригодное для морского судоходства Сулинское гирло.
В тот период сообщение между Дунаем и Чёрным морем явно не было приоритетом для России. Европейская пресса обвиняла российское правительство в том, что заиливание Сулинского гирла было допущено для протекции Одессы и других черноморских портов России. И действительно, в период действия режима порто-франко Одесса получала дополнительные торговые обороты за счёт транзита грузов между Чёрным морем и Дунайскими княжествами, а также Австрией.
«Великие державы Европы решили, что европейский интерес требует наибольшего удаления России от Дуная» – заявил министр иностранных дел Румынии Михай Когэльничану, объясняя логику территориальных изменений после Крымской войны.
Стратегически значимое Сулинское гирло перешло под контроль Европейской Дунайской комиссии, не подчинявшаяся национальному законодательству прибрежных государств. Вплоть до 30-х годов XX века «первую скрипку» в этой комиссии играли Англия и Франция, к Дунаю прямого отношения не имевшие.
Англичане, заинтересованные в развороте грузопотоков из Центральной и Юго-Восточной Европы в сторону Северного моря (через канал Дунай-Майн), добились введения за проход через Сулинское гирло чрезмерно высоких пошлин. Это ущемляло торгово-транспортные интересы дунайских государств, но поделать они ничего не могли.
По Парижскому миру 1856 года Россия вместе с дельтой Дуная утратила и очень значимые для себя города: овеянный славой суворовского штурма Измаил, столицу болгарских переселенцев – Болград. Это привело к их хозяйственному упадку, оттоку из них значительной части населения.
Контроль над городами юго-запада Бессарабии и выход к Килийскому (северному, несудоходному) гирлу Дуная Россия вернула в ходе Русско-турецкой войны 1877–1878 годов. Тогда же к Нижнему Дунаю была проложена первая железная дорога. Она протянулась от днестровского города Бендеры до дунайских Рени и Галаца. Более 300 километров путей вместе со станциями, мостами, разъездами, путепроводами соорудили всего за 100 дней. То было одно из самых скоростных железнодорожных строительств в российской истории. Во многом благодаря этой магистрали Бессарабская губерния заняла лидирующие позиции по экспорту хлеба в Российской империи.