В 1918 году в Бессарабию вторглись румынские войска. Экстренный съезд представителей крестьянства и земств Южной Бессарабии принял очень символичное заявление о желании региона остаться «на вечные времена в составе России, какой бы она в будущем ни была, с советским или иным строем».
Тем не менее Российская Советская Республика вскоре после своего провозглашения утратила выход к Дунаю. Правда, в суматохе советско-румынской войны, в начале марта 1918 года королевское правительство Румынии неосмотрительно заключило с Советами договор о признании суверенитета РСФСР над Бессарабией.
Вплоть до 1940 года советское правительство настаивало на выполнении Бухарестом этого договора. Развязка территориального спора наступила уже по итогам Второй мировой войны. После крушения Франции Румыния лишилась традиционного покровительства и вынуждена была уступить нажиму СССР.
Летом 1940 года произошёл один из самых противоречивых эпизодов в истории Нижнего Подунавья. Основная часть Измаильского уезда (вместе с административным центром) перешла в состав Украинской ССР. Решение это принималось в основном исходя из хозяйственной целесообразности.
Председатель Верховного Совета УССР Михаил Гречуха обосновывал тогда украинский суверенитет над советской частью Подунавья тем, что река будет наиболее эффективно использоваться флотилией из Украины. Лукавство этого аргумента состояло в том, что Днепровское речное пароходство являлось структурным подразделением союзного наркомата речного флота. Советское Дунайское пароходство, ставшее градообразующим предприятием для Измаила во второй половине XX века, также имело общесоюзный статус.
Ещё одним аргументом являлось численное преобладание в Измаильском уезде славян (в 1940 году существовал проект передачи региона формируемой Молдавской ССР). При этом ссылался Гречуха на данные неопубликованной румынской переписи населения 1927 года, по которой доля русских в уезде составляла 24 %, а украинцев – 20,3 %.
Так или иначе, РСФСР имела прав на данный регион никак не меньше, чем УССР. Однако прецедента Калининградской области на тот момент ещё не существовало.
В 1941–1944 годах последовала новая румынская оккупация Бессарабии.
В августе 44-го после воссоединения Нижнего Подунавья с СССР англичане и американцы потребовали восстановления довоенного режима судоходства на реке. Однако у советского руководства на этот счёт были другие планы.