Археологические открытия также внесли значительный вклад в изучение апокрифических текстов. Находки в Наг-Хаммади в 1945 году и публикация «Евангелия от Иуды» в 2006 году открыли доступ к текстам, которые на протяжении веков считались утерянными. Например, «Евангелие от Иуды» показало, что в некоторых раннехристианских общинах Иуда воспринимался не как предатель, а как избранный ученик, который помог Иисусу исполнить его божественную миссию. Это открытие вызвало широкий резонанс в научной среде, заставив пересмотреть традиционные интерпретации роли Иуды в христианской истории.
Джон Доминик Кроссан, член «Иисус Семинар», придерживается более радикального взгляда. Он считает, что многие эпизоды в канонических евангелиях могли быть не историческими событиями, а литературными аллегориями. Кроссан предполагает, что «Евангелие от Фомы» могло содержать ранние изречения Иисуса, которые ещё не были подвергнуты теологической обработке церковными отцами. Он рассматривает этот текст как свидетельство существования мистической традиции в раннем христианстве, которая подчёркивала личный опыт Бога и внутреннее просветление.
Современные исследования показывают, что процесс формирования канона был сложным и многоплановым. Учёные согласны, что исключение апокрифических текстов из канона определило развитие христианства в направлении ортодоксии, где ключевыми стали догматы о воскресении, троичности Бога и роли церкви как единственного посредника между Богом и верующими. В то же время апокрифические тексты продолжают вызывать интерес, предлагая альтернативные версии учений Иисуса, которые акцентируют внимание на гнозисе, мистицизме и индивидуальном пути к спасению. Эти тексты становятся объектом исследований не только историков религии, но и философов, психологов и теологов, которые ищут в них вдохновение для обновления современного христианского мировоззрения.